（６）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

• 課題番号: 2008010713
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット
• 協力分担関係: 社団法人農林水産先端技術産業振興センター
• 研究期間: 2006-2010
• 年度: 2008
• 摘要: １．高速シーケンサーによって大規模に生産された塩基配列データを最大限利用し、一次元の配列データから生物学的意味を抽出することが重要になっている。そこで、高速シーケンサーの配列を有効活用するため、ギャップを考慮できるなど総合的に優れているSOAPを利用しながら、cDNAを扱える独自の解析パイプラインを構築し、Illumina社のELANDより高いアラインメント効率を実現した。２．多様な生物種に適用可能な遺伝子アノテーションシステムを開発するにあたり、今年度はシステムを構成する遺伝子予測自動学習システムなどの開発並びに有効性の検証を行った。RAP-DBより取得したイネ遺伝子とJGIのソルガム遺伝子を用いて比較したところ、専門家による学習と同程度の精度が得られた。これにより新規ゲノム配列に迅速に対応できることになる。３．我々のアノテーションシステムをイネいもち病菌EST解析に応用し、生物研で決定した35,189のEST配列から4,155遺伝子座を決定した。既知のタンパク質配列との比較により決定したタンパク質コード領域の全長性を検証したところ少なくとも87%は全長であることが示唆された。決定した遺伝子座、付与した機能ドメイン、アラインメント等の解析結果はデータベースに格納し、検索サービスとともにインターネット上に公開した。４．アノテーションデータの活用の一環として、転写開始点（TSS）配列解析をイネ・シロイヌナズナで行った。両種ともに、GC含量に関しては最上流・下流で同様の傾向を示したのに対して、CG-skew、AT-skew、相対エントロピーは最上流・下流で大きく異なった。TSSの数が多くなるほどイネ・シロイヌナズナのオルソログ間でのアミノ酸一致度が高くなるという結果と総合して、TSSは種分岐後に新たな転写制御を持つTSSを3'端側にそれぞれ生み出し、遺伝子発現の多様化を生み出してきたと考察した。５．第５回イネアノテーション会議を開催し、国内外から総勢30名の参加を得て2日間にわたる討論を行った。データのリリース、統合や協力に関して、IRGSP build 5は解析途中でも随時公開していくこと、Wikiや国際会議の場を利用しながらアノテーションを充実させていくことなどを決定した。
• カテゴリ: いもち病 ソルガム データベース