（６）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

• 課題番号: 2009013984
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット
• 研究期間: 2006-2010
• 年度: 2009
• 摘要: １．高精度に遺伝子構造を予測すると同時にタンパク質をコードしていると思われる領域（ORF）の機能予測を行うシステムを作成した。塩基配列決定が高速化していることから、一般ユーザーを対象として、任意の大規模配列に対して配列の自動アノテーションを実行できるシステムの開発を行った。２．イネゲノム塩基配列の国際コンソーシアムであるIRGSPより新しいゲノム配列（build 5）が公開されたことに対応して、イネゲノムのアノテーションデータベース（RAP-DB）においてバージョンアップを行った。上記アノテーションシステムの利用に加えて、種間ゲノムアラインメントを作成し、日本晴以外のゲノムとの比較をしながら情報を取得できるようにした。また、データベースにおいても検索機能の速度と利便性の向上を図った。個々の遺伝子のアノテーションについて文献情報の精査を行い、現在までに200件程度の記載を改訂できている。３．次世代シーケンサーから生産される大量の断片配列を解析するため、昨年度開発したパイプラインを用いて、イネの葉及び根由来の転写産物を大規模解析した。この結果、現在のRAP-DBには登録されていない約1,500の新規遺伝子候補領域を特定した。このような新規領域については今後、RAP-DBからの公開を目指す。４．ジャポニカの日本晴、インディカのGuang-lu-ai4と93-11の３品種間について、6,452ヶ所のオーソロガスな転写領域の塩基配列マルチプルアラインメントを作成した。ジャポニカ-インディカ間で異なる塩基置換を19,924ヶ所、Guang-lu-ai4特異的な置換を9,177ヶ所、93-11特異的な置換を5,450ヶ所推定した。５．動物においては特定の条件で発現しているレトロコピーが知られており、一部は重要な機能を有することも明らかにされている。イネでも同様に重要な機能を担っていると期待されることから、イネゲノム上で予測された一部のレトロコピーについて発現解析を行い、実際に親遺伝子とは異なる発現パターンを示すものが見つかった。次世代シーケンサーでの発現解析により、効率よく発現が確認されると期待されることから、今後は次世代シーケンサーを主に活用してレトロコピーの発現解析を進める予定である。
• カテゴリ: データベース 品種