（６）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

• 課題番号: 2010014973
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット
• 研究期間: 2006-2010
• 年度: 2010
• 摘要: １. 次世代シーケンサーを用いてイネの非生物的ストレス（塩、低リン酸、高リン酸ストレスなど）応答遺伝子の網羅的探索を行い、マップされたリード数の独立性の検定を行うことによって、発現量が統計的に有意に変化した遺伝子を同定する手法を開発した。日本晴ゲノム配列に該当しない品種特異的遺伝子は、新規アセンブルプログラムを用いてコンティグを構築し、同定した。２. 主要穀類向けゲノムアノテーションシステムを開発し、1 Mbpの配列を5時間以内に処理できるようにした。本システムは個別の遺伝子予測プログラム単独の結果よりもすべての評価項目において良い結果を示した。異種マッピング法及びタンパク質として機能する領域の予測を実装したウェブアプリケーションとしてFlowering Plant Gene Pickerを公開した。３. ミシガン州立大らのグループと共同で日本晴ゲノム配列を再構築し、日米で新たに解読した次世代シーケンサーのリードを利用して4,886箇所の4,923塩基を修正することにより、品種間SNP検証にも耐えうる高精度版ゲノム配列を作成した。４. 新規に決定されたオオムギ完全長cDNA（FLcDNA）の配列解析を担当し、22,651本から構成される非冗長なオオムギFLcDNA配列セットを作成した。異種ゲノムとの配列比較では1,699本の配列が、他の穀類の完全長ゲノムやコムギを含む穀類のcDNAに相同性を示さず、オオムギ特異的遺伝子の可能性が示唆された。５. 新規に決定されたアフリカ栽培イネ（グラベリーマ）ゲノムの配列解析を担当し、日本晴ゲノムの18%に相当する領域の解読に成功すると同時に、グラベリーマ特異的な12Mbの配列があることを明らかにした。遺伝子マーカーとして利用されるSSRの情報を整備した。６. 天然物質の三次元構造データベースの充実を図るため、結合関係やキラリティをチェックする構造入力補助システムを作成した。現在までに約3,000種類の天然物質の構造データをデータベースに格納した。
• カテゴリ: 大麦 データベース 品種