栽培イネの地域的適応性及び種分化に関わる遺伝子領域の多様性解析

• 課題番号: 2012021735
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究期間: 2008-2012
• 年度: 2012
• 摘要: 次世代シーケンサーで配列解読するための材料種子を確保するとともに、次世代シーケンサーで得られた配列の処理方法について議論に参画した。また、得られたデータと遺伝解析材料を結合するためのとりまとめを行った。; 新たに22の栽培イネ品種及び２系統の祖先種野生イネにおいて、ショートリードタイプの次世代シーケンサーによる全ゲノムの塩基解読を行いそれぞれより日本晴全ゲノムの81～94％または遺伝子領域の92～98％をカバーする塩基配列を獲得した。各品種または系統から11.6～280万個の塩基置換サイト及び2.7～39.7万個の欠損サイトを見つけイネ集団におけるゲノムワイドの多様性を分子レベルで明らかにした。また、アウスタイプのイネ品種「Kasalath」においてはロングリードタイプの次世代シーケンサーによる全ゲノムの塩基解読も実施し、de novoアセンブルの実行により全長337Mb（全ゲノムの約90％）の塩基配列データを獲得した。得られた多様性情報を遺伝子単離やゲノム育種に利用するため、イネゲノム塩基配列自然変異に関するデータベースを作成しゲノムビューアを通じて簡単に閲覧できるようなツール開発も進めた。
• カテゴリ: ゲノム育種 データベース 品種