イネゲノムの構造解析（１０４）

• 課題番号: 102
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 分子遺伝・ゲノ構造研
• 研究期間: 継１０～１４
• 年度: 2000
• 摘要: 10年度に構築した日本晴PACライブラリーのEST およびSTSマーカーのPCRスクリーニングによって、現在第１染色体（全長51Ｍｂ）の17Ｍｂ、第6染色体（全長35Ｍｂ）の13ＭｂにおいてPACが整列化された。また11年度は計10台のキャピラリーシーケンサーの稼働に伴い、多サンプルのシーケンステンプレートの供給を、安定に行なうことが必要となり、安定供給のシステムを構築した。また、11年度夏より、プラスミド自動抽出装置を導入し、10台のキャピラリーシーケンサーが必要とする、テンプレートDNAを安定に供給できる体制を確立した。また、ゲノムシーケンスを進めて行くうえで、リピート等のシーケンスが困難な領域に関して、ネステッドディリーション法、制限酵素によるディリーション法、トラスポゾンを利用した方法等を利用したシステムを確立した。現時点では月当たり20-30個のPACからシーケンス鋳型の供給、同じく20-30PACの1次アセンブルが可能である。このうち約半数の10PAC/月のペースでfinishing されている。現時点でシーケンス終了PACは62、計8.3Ｍｂである。