平成１３年度に収集される完全長cDNAクロ－ンのクラスタリング

• 課題番号: 2001000661
• 研究機関名: 独立行政法人農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 植物生命科学研究所 分子遺伝研究グループ 遺伝子発現研究チーム
• 研究期間: 新規2001～2001
• 年度: 2001
• 摘要: 端読み配列解析された5'端配列及び3'端配列から、3'端配列を用いて、28,000にグループ化を行った。グループ端読み配列をclustalWで、アラインメント化して、個々のグループにおいて最長のクローンを代表クローンとして選別した。端読み配列からの代表クローンを完全長配列解析にまわすとともに、蓄積した端読みデータ、または、端読み配列が得られた元ライブラリー情報を用いて、クローンの出現の特異性、GC含量の変化、転写開始位置の予測、ゲノム配列との比較等を行った。
• カテゴリ: データベース