イネ第１染色体のDNA 塩基配列の解析

• 課題番号: 2002002686
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 基盤研究部門 ゲノム研究グループ 植物ゲノム研究チーム
• 研究期間: 継続2001～2002
• 年度: 2002
• 摘要: 第1染色体(47.5Mb)のうち、その95％にあたる43.3Mbについて完全配列を公開した。その他の我が国担当の染色体(第2、6、7、8、9)については米国クレムソン大学ゲノム研究所(CUGI) BACエンドシーケンスによるSTC法、またCUGIフィンガープリントコンティグを用いたウオーキングを行った。さらに、我が国が構築したすべてのクローンを用いてコンティグ末端からのPCRスクリーニングを繰り返した結果、6本の担当染色体全てにおいて95％以上の領域をカバーする物理地図作成に成功した。これらのクローンのうちミニマムタイリングパスを作成して全て配列解析を行い、結果の配列同士のBLAST 解析によって物理地図を確認した。