イネ第６染色体の物理地図作製とDNA 塩基配列の解析

• 課題番号: 2002002687
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 基盤研究部門 ゲノム研究グループ 植物ゲノム研究チーム
• 研究期間: 継続2001～2002
• 年度: 2002
• 摘要: 国際コンソーシアムにおいて我が国が中心となり定めた、フェーズ2での全ゲノム塩基配列解読を年内に終了させるという目的を達成するため、14年度はフェーズ2解析に特化した解析ラインを構築した。具体的には物理地図上のPAC/BACクローンからショットガンライブラリー作成、シーケンス鋳型調製、試薬の384穴プレートへの分注、伸長反応後の反応物精製までをほぼロボットの自動ラインで行えるようにした。また高性能のキャピラリーシーケンサーの能力を活かして24時間・週7日間稼働体制を実現した。シーケンサーでの解析後、データ自動転送・自動アセンブル・フェーズ2自動判定システムを構築し、ハイスループットなデータ産生に見合うデータ解析速度を達成した。このシステムを用いることにより12月2日までに、6本の担当染色体（第1、2、6、7、8、9）において1,780個のPAC/BACクローンを登録した。クローン間の重複を除く総塩基長は約183Mbである。これは6本の染色体の長さの合計199Mbの92％を占めるもので、期限内に目的を達成した。
• カテゴリ: ロボット