コード領域予測技術の開発

• 課題番号: 2002002692
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 基盤研究部門 ゲノム研究グループ ゲノム情報研究チーム
• 研究期間: 継続2001～2002
• 年度: 2002
• 摘要: すでに公開しているイネ遺伝子の予測プログラムの改良を行ったが、このプログラムは元々簡略化された作りになっているためほとんど精度が上がらなかった。そこでプログラムを作り直すことにし、現在はスプライスサイト予測部と最終的にコード領域を予測する本体部分のコーディングを行っている。またCpGアイランド解析プログラムを作成し、イネの配列約400Mbに対して解析を実行し結果をデータベース化した。そしてこの結果を元に予測遺伝子内のCpGアイランドの存在位置及び遺伝子の発現パターンとの相関を調べた。さらに塩基配列の熱力学的安定度を計算するプログラムを作成し、予測遺伝子と安定度の相関を調べ、コード領域予測に有効かどうかの検討を行った。
• カテゴリ: データベース