イネゲノムデータベースINEの改良

• 課題番号: 2002002693
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 基盤研究部門 ゲノム研究グループ 植物ゲノム研究チーム; 農業生物資源研究所 基盤研究部門 ゲノム研究グループ ゲノム情報研究チーム; 農業生物資源研究所 植物生命科学研究部門 分子遺伝研究グループ 遺伝子修飾研究チーム
• 研究期間: 継続2001～2002
• 年度: 2002
• 摘要: イネゲノムデータの効率的な解析技術の開発については、第1染色体完成配列に対して種々のプログラムによる解析を行い、各予測遺伝子の位置、推定機能、リピート配列の分布等、物理地図を基にした正確な配列の利点を利用し、生物学的に意味のあるアノテーションを行うことができた。国際コンソーシアムの塩基配列解析データを統合データベースINEに取り込み、各クローン毎の遺伝マップ等と対応づけた正確な地図を構築した。また、各国の登録データを数値化すると同時にわかりやすく図示し、コンソーシアムの中央データベースとして機能している。遺伝子オントロジー(GO)用語検索支援システムのプロトタイプを作成した。このシステムはユーザの専門分野や検索履歴などからユーザーが興味のあると思われる分野を類推し, それに関連する用語を強調表示することができる。イネ（日本晴）種子の胚を材料にし、高分子ゲノムDNAを採取し、制限酵素ランドゲノム スキャンニング(RLGS)パターンを得ることができた。ランドマーク制限酵素としてNotI, BspEI, EagIの3種類用いた結果、合計4,434スポットを検出した。このうち、アイソシゾマーであるMspIとHpaIIのパターン間で違いの見られたスポットは、合計1,116個であった。3種類のランドマーク制限酵素ともMspI（メチル化非感受性）特異的スポットが多く、合計871個（19.6％）検出された。HpaII（メチル化感受性）特異的スポットは、245個（5.5％）検出された。シロイヌナズナでは全ゲノム中の20－30％がメチル化されているといわれてきたが、イネでも、シロイヌナズナと同程度の割合の座位がメチル化されていることが推定された。RLGS解析を効率化するため、新たな３つのソフトウェア、(1)シーケンスデータ情報抽出ソフトウェア、(2)RLGS画像スポット解析ソフトウェア、(3)多型・メチル化スポット検出ソフトウェアを開発した。さらに、イネの網羅的ゲノム修飾データベースの構築において、解析ソフトウェアとデータベースを繋ぐWebサービスを実現するために必要な関数群の開発をすすめた。
• カテゴリ: データベース