メチル化部位のゲノムマッピング

• 課題番号: 2002002702
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 植物生命科学研究部門 分子遺伝研究グループ 遺伝子修飾研究チーム
• 研究期間: 継続2001～2002
• 年度: 2002
• 摘要: シロイヌナズナ(コロンビア株)のゲノムを対象に、EagI-MspI-HindIII及びEagI-HpaII- HindIIIの組合せで、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング(RLGS)解析を行った。MspIとHpaIIはメチル化感受性に違いがあるアイソシゾマーである。両RLGSパターンを比較した結果、合計662個のスポットのうち、MspIで特異的なスポットが137個(20.7%)検出され、HpaIIで特異的なスポットは49個(7.4%)あった。これまで、シロイヌナズナでは、ゲノム全体の20-30％がメチル化されていると量的に推定されていたが、今回、座位単位でこれが確認された。ゲノム塩基配列情報を活用してメチル化特異的DNA断片の解析を行うためのソフトウエアを開発し、ユーザーフレンドリーな操作環境を実現する改良を行った。これにより、シロイヌナズナ全ゲノム情報を用いたインシリコのRLGSスポットパターンの描画が可能となった。このパターンと実際の実験でえられたRLGSスポットパターンを比較することによって、メチル化特異的DNA断片の塩基配列情報解析をすすめた。イグサ17品種の品種識別をすすめた。
• カテゴリ: いぐさ 品種