植物病原微生物のゲノム構造における病原性関連遺伝子群の解析

• 課題番号: 2002002780
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 基盤研究部門 遺伝資源研究グループ 生物分類研究チーム; 農業生物資源研究所 基盤研究部門 遺伝資源研究グループ 上席研究官２; 農業生物資源研究所 基盤研究部門 遺伝資源研究グループ 資源情報研究チーム
• 研究期間: 継続2001～2002
• 年度: 2002
• 摘要: イネ白葉枯病菌のゲノム解読で部分的に残されたギャップ領域と精度の低い領域の再解析を行い、全ゲノム配列の確定を行った。確定された配列に対し、GeneHackerプログラムで遺伝子領域の予測を行い、BLAST検索でアノテーションを行った。ゲノムサイズは約4.9Mbで遺伝子数は約4,200と予測した。これまでに、代表的な病原性遺伝子クラスター(hrp)及び周辺領域から14の新規遺伝子を同定した。また、イネ白葉枯病菌と同じ種に分類されるイネ条斑細菌病菌のhrp遺伝子クラスターの塩基配列を決定し、両病原型における病原性遺伝子領域の比較解析を行った。一方、情報科学的手法の開発では、ISを含むフラグメントの抽出やミスアセンブルの検出など36本のゲノム解析支援ツールを作成し、ゲノム解析に利用した。さらに、ゲノム情報のデータベースを構築するための基本部分のスキーマを設計した。
• カテゴリ: データベース