イネ染色体構造の解析（A111）

• 課題番号: 2004005114
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 ゲノム研究グループ 植物ゲノム研究チーム
• 協力分担関係: ＳＴＡＦＦ研究所
• 研究期間: 継続2001～2005
• 年度: 2004
• 摘要: フォスミドライブラリーによるクローンの選抜とSTC法、エンドウォーキング法を繰り返し行うことによって我が国担当の6本の染色体において640個以上のフォスミド陽性クローンを新たに選抜し、2個所のギャップを埋めたほか、セントロメア領域を含め多くのコンティグを伸長させることができた。特に、テロメア反復配列を持つフォスミドクローンが約160個見つかり、一部のクローンを第1染色体短腕、第2染色体長短腕、第6染色体長腕、第7染色体長短腕、第8染色体短腕の七つの領域に位置づけた。この結果、他の染色体と合わせて国際コンソーシアムが作成したイネ12本全染色体の物理地図に基づき、全ゲノムをカバーする最小セットのPAC/BAC/フォスミドクローンを3462個確定した。Fiber-FISHによるギャップサイズ測定の結果、わが国担当の6本の染色体の最終物理地図は各染色体ユークロマチン領域の約99％、全領域の約94％をカバーすることができた。