（５）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

• 課題番号: 2006008604
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 ゲノム情報研究U
• 研究期間: 新規2006-2010
• 年度: 2006
• 摘要: (1)ユニット内での情報共有システムなどを整備するとともに、イネアノテーションDBのミラーサイトのような情報公開システムを迅速に構築できる体制を確立した。イネいもち病菌のESTを利用した自動アノテーションで遺伝子を確定し、このシステムで公開向けデータベースを構築した。(2)カイコゲノム用に遺伝子予測プログラムを最適化し、高精度予測結果を汎用性のあるGFFフォーマットで出力した。(3)第三回イネアノテーション計画会議を国際協調下で開催し、遺伝子ファミリーのアノテーションなどを主導した。また、転写開始点の多様性を明らかにした。(4)最も効率がよい低分子化合物の構造変換方法を確定した。芳香環を側鎖に持つアミノ酸の相互作用を検出・評価する方法を開発し、PDBに適用した。(5)系統樹アノテーションシステムを用い、イネと近縁種間でオルソログを決定した。(6)ゲノム解析を行い、トランスポゾンの進化への積極的関与、イネ近縁種間の交雑、植物における遺伝子融合や分裂の速度、セントロメア領域の機能遺伝子、微生物ゲノムの自然選択強度の特徴などを明らかにすることができた。
• カテゴリ: いもち病 カイコ データベース