2007年度   進化生物学と統計科学：系統樹の推定をめぐって　Statistical Sciences and Evolutionary Biology with Special Rreference to Phylogeny Estimation

2007年度   科学哲学は役に立ったか：現代生物体系学における科学と科学哲学の相利共生

2006年度   とても役に立った生物学哲学-進化学と系統学の系譜をたどって

2006年度   進化生物学と統計科学：系統樹の推定をめぐって

2006年度   進化学と生物学哲学の視線の交わり

2006年度   科学哲学と個別科学：進化学の武器としての生物学哲学について

2006年度   幾何学的形態測定学：生物学・幾何学・統計学の接点で

2002年度   Quantitative comparison of parsimoniously reconstructed ancestral character-states in a cladogram

2000年度   A note on reiterated phenotypes in species of Neogastroplites (Ammonoidea, Cenomanian, Cretaceous)

2000年度   系統学に基づく分子進化学

2000年度   農林水産系研究現場における統計解析ソフトの利用と課題（インタビュー）

2000年度   ［書評］ピーター・レイビー著『大探検時代の博物学者たち』. 河出書房新社，東京.

2000年度   Stepmatrix weighting in phylogenetics: Random-tree estimation and its properties

2000年度   ［書評］チャールズ・シンガー著『生物学の歴史』. 時空出版，東京.

2000年度   ［書評］チャールズ・シンガー著『生物学の歴史』. 時空出版，東京.

2000年度   小さな水の中の大きな世界

2000年度   洋の東西をまたぐ「分類学」の歴史

2000年度   生物学における科学革命とは何か？

2000年度   「種は個物である」－自然科学としての形而上学の挑戦

2000年度   ［書評］失われた森：レイチェル・カーソン遺稿集（リンダ・リア編，集英社）

2000年度   祖先形質状態の最節約復元に伴う歪み：形質変化集中度の定量的評価とステップ行列重みづけへの影響

2000年度   Molecular phylogeny of birdwing butterflies of the tribe Troidini (Lepidoptera: Papilionidae) - using all species of the genus Ornithoptera

2000年度   Molecular Phylogenetic Analysis on Ribosomal DNA Internal Transcribed Spacer Regions and Comparison of Fertility in Phomopsis Isolates from Fruit Trees

2000年度   統計学の揺籃としての生物学：その背景

2000年度   最尤原理と情報量基準：現代版「オッカムの剃刀」の効用

2000年度   ジャコウアゲハ族を背景としたトリバネチョウの分子系統研究

2000年度   複雑系の事典：適応複雑系のキーワード１５０

2000年度   ［書評］金森修『サイエンス・ウォーズ』東京大学出版会.

2000年度   進化子の拡張，系統発生の一般化：ある「樹思考者」の立場から

2000年度   ヒトが種をつくる：種問題のもう一つの根本的解決（２）

2000年度   サンセベリア生態型のＲＡＰＤ法による解析

2000年度   Purification, characterization and cDNA structure of isoamylase from developing endosperm of rice

2000年度   Cladistics: towards the reconstruction of phylogeny

2000年度   Structural analysis of enzymes which determine the fine structure of amylopectin in rice

2000年度   Estimating stepmatrix using randomly sampled trees

2000年度   一般化最節約法に基づく分子系統推定：無作為樹を用いたステップ行列重み付けの性質

2000年度   塩基置換率に座位間変異のある配列データからの系統推定

2000年度   系統樹思考に基づく生物地理学的推論：系統樹マッピングに関わる数学的問題の解決に向けて

2000年度   ヒトが種をつくる：種問題のもう一つの根本的解決（１）

2000年度   祖先形質を復元する：系統学的方法とその生物学的意義

2000年度   生物分類の認知的基層：分類体系はヒトによるヒトのためのカテゴリー化である

2000年度   形態測定学

2000年度   生物統計理論を現場で鍛練する：系統学と形態学における統計手法群を例として

2000年度   ［21世紀・序奏］系統学

2000年度   分岐分析

2000年度   生物分類学は生き延びられるのか

2000年度   分類者としてのヒト：体系生物学と認知科学のはざまで

2000年度   Stepmatrix character-state weighting in phylogeny reconstruction: a new method for estimating weights using random cladograms

2000年度   Cladistics: an intellectual lineage which is constantly evolving and diverging in contemporally systematic biology

2000年度   Ancestral character-state reconstructions on trees and semilattices

2000年度   Evolutionary and structural estimation of ligand binding domains of steroid hormone receptors

2000年度   鼎談：なぜダーウィンを読むのか

2000年度   ダーウィンとナチュラルヒストリー

2000年度   ダーウィンのあどけない悪戯？

2000年度   書評：エルンスト・マイヤ著『これが生物学だ』シュプリンガー・フェアラーク東京

2000年度   Molecular phylogenetic analysis of ribosomal DNA internal transcribed spacerregions and comparison of fertility in Phomopsis isolates from fruit trees.

2000年度   複数レベル淘汰理論に基づく利他行動の起源

2000年度   生物の個体性とは何か？

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2003年度   遺伝子情報に基づく巨大系統樹推定プログラムの開発

2002-2004年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   マツ属種間の系統関係の葉緑体・ミトコンドリア・複数の核遺伝子による再構築