2014年度   Exploring the areas of applicability of whole-genome prediction methods for Asian rice (Oryza sativa L.)

2012年度   日本水稲品種のSSRマーカー多型に基づく分類および近縁係数と遺伝的距離との関係

2012年度   Population structure in Japanese rice population

2012年度   日本水稲品種のSSRマーカー多型に基づく分類および近縁係数と遺伝的距離との関係

2011年度   イネ育種におけるゲノミックセレクションの精度：シミュレーションと実データによる評価

2011年度   日本イネ品種におけるコメ品質のゲノムワイドアソシエーション解析と予測

2011年度   発育予測モデルおよびゲノムワイドデータに基づく日本水稲品種群の出穂日予測

2011年度   日本水稲品種群における感光性遺伝子Hd1と到穂日数のアソシエーション解析

2011年度   日本水稲品種群を使ったゲノムワイドアソシエーション解析

2008年度   イネジャポニカ栽培化過程におけるSemidwarf1の人為選抜の検証

2018年度   予測を含む気象データを利用した水稲、小麦、大豆の栽培管理支援システム

2016年度   自殖性作物の長期改良に島モデル型ゲノミックセレクションが活用できる

2015-2018年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   日本水稲の重要遺伝子とは？

2013-2015年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   環境適応型品種をデザインするための統合的モデル化手法の開発

2011-2012年   [独立行政法人科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業]   自然変異を利用した低フィチンイネの開発と遺伝解析

2010-2012年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   日本水稲品種「山田錦」が保有する特性の遺伝解析

2007-2008年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   植物病原糸状菌の葉面接着制御による病害防除法の基盤整備

2006-2007年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   ウンカ類に対するイネの殺卵遺伝子の単離と機能解析

2001-2003年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   ウンカ類に対するイネの殺卵遺伝子の単離と機能解析

1998-2000年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   ウンカ類産下卵に対するイネの殺卵作用・殺卵物質の遺伝育種学的研究