SNP型判定を実施する個体を効率的に選択して遺伝的改良量を向上できる

• 担当機関: （独）農業・食品産業技術総合研究機構 畜産草地研究所
• 研究期間: 2012～2013
• 研究担当者: 西尾元秀; 佐藤正寛
• 発行年度: 2013
• 要約: 長期的にゲノム情報に基づいて個体を選抜する場合、SNP型を判定する個体数が限られていても、その個体を適切に選択することによって、近交係数を抑制しながら遺伝的改良量を向上させることができる。
• キーワード: ゲノム情報、SNP型判定、長期選抜、遺伝的改良量、近交係数
• 背景・ねらい: ゲノミック選抜法では、遺伝的能力の推定精度が高まるとともに世代間隔が短縮できることから、遺伝的改良量を効率的に向上させることが期待できる。しかし、長期的なゲノミック選抜を考えた場合、多くの個体についてSNP型を判定することは、コスト面で非常に困難である。そこで本研究では、SNP型を判定する個体数をあらかじめ固定し、コンピューターシミュレーションによって発生させたデータを用いて、これらの個体の選択法が遺伝的改良量および近交係数に及ぼす影響について検討する。

成果の内容・特徴

1. 各世代の個体数が300頭の集団において、第5世代までの無作為選抜の後、第6世代から第10世代の5世代にわたってゲノム情報を用いて個体を選抜する場合、すべての個体についてSNP型を判定するシナリオ1とランダムに選んだ半数の個体についてSNP型を判定するシナリオ2、3および4を設定する(表1)。
2. 各シナリオにおいて、それぞれ、遺伝率が0.1、0.3および0.5のときのデータをシミュレーションにより発生させる。第6世代から第10世代の遺伝的改良量および第10世代の近交係数への影響を推定する。
3. いずれの遺伝率においても、遺伝的改良量は、選抜を実施する世代においてSNP型を判定するシナリオ2が、すべての世代においてSNP型を判定するシナリオ1よりも大きくなる傾向にある(表2)。
4. SNP型判定の個体数が半数の場合、いずれの遺伝率においても、近交係数はシナリオ2が望ましい。

成果の活用面・留意点

1. 本成果におけるコンピューターシミュレーションにより、選抜期間、遺伝率、SNP型を判定する個体割合が異なる場合についても、遺伝的改良量および近交係数を推定することができることから、選抜実験を実施する前に効率的なSNP型判定個体の選択が検討できる。
2. 世代の重複がない集団にのみ適用できる。

• 研究内容: http://www.naro.affrc.go.jp/project/results/laboratory/nilgs/2013/nilgs13_s13.html
• カテゴリ: コスト