タイトル | ゲノミック選抜法の性能を検証するための基礎集団構造の作成条件 |
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担当機関 | (独)農業・食品産業技術総合研究機構 畜産草地研究所 |
研究期間 | 2013~2014 |
研究担当者 |
西尾元秀 佐藤正寛 |
発行年度 | 2014 |
要約 | シミュレーションによって発生させた基礎集団のゲノム構造において、1塩基多型のアリル頻度の分布が平衡に達していなくても、連鎖不平衡係数が平衡に達していれば、ゲノム情報に基づいた遺伝的能力評価法の性能を検証できる。 |
キーワード | ゲノミック選抜法、SNPマーカー、アリル頻度、連鎖不平衡係数、推定育種価 |
背景・ねらい | 牛および豚などの家畜においては、数万以上の大規模な1塩基多型(SNP)マーカーが開発されている。現在、このような大量のマーカーを利用して、家畜の遺伝的能力をゲノミック推定育種価(GEBV)として評価するゲノミック選抜法の研究が盛んに行われている。これらの研究の多くは、コンピューターシミュレーションによって基礎集団を発生させ、その後の数世代のデータを用いてGEBVの精度を検証している。しかし、基礎集団のデータ発生において条件設定の明確な基準がないため、先行研究で得られたGEBVの精度の違いは、推定法だけではなく、データ発生の条件設定に起因している可能性がある。そこで本研究では、基礎集団のゲノム構造に影響を及ぼすパラメーターについて検討するとともに、作成した基礎集団のゲノム構造とその後のデータから得られるGEBVの精度との関連について検討する。 |
成果の内容・特徴 |
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成果の活用面・留意点 |
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図表1 | |
図表2 | |
図表3 | |
図表4 | |
研究内容 | http://www.naro.affrc.go.jp/project/results/laboratory/nilgs/2014/nilgs14_s07.html |
カテゴリ | 育種 評価法 豚 |