ブタドラフトゲノム塩基配列のアノテーションによるゲノム情報利用の促進

• 課題番号: 2011019147
• 研究期間: 2010-2011
• 年度: 2011
• 摘要: 1) 国際コンソーシアムにおけるゲノム解読の対象個体であるデュロック種雌個体2-14（通称T.J.Tabasco）のクローン個体に由来する組織のRNAを用いて構築した3個の完全長cDNAライブラリーを用い、27,000個以上の高品質ESTの取得を行い、これまでのESTを合わせた合計33万の完全長cDNAライブラリーに基づくブタESTをアセンブルして17,000個以上のコンティグ配列を生成した。2) ESTを行ったクローンの中から新たに2,000個以上のブタcDNAの解読を行い、合計31,000個以上のcDNA全長解読を達成した。また、これらの解読済みcDNAのブタゲノム上での分布を解析し、15,000個以上の独立した座位に由来することを明らかにした。3) 免疫系遺伝子のブタゲノム塩基配列アノテーショングループに参加し、139個の遺伝子についてのアノテーションを完了させた。4) PEDEデータベースにマイクロアレイ等の情報とのリンクを作成するとともに、解読済み全長cDNA及びESTの公的データベース（DDBJ）への登録を行った。5) 抗体重鎖遺伝子ゲノム領域の解読については、SGSCのゲノム物理地図に統合されているINRAのBACライブラリーに由来するクローンを用いて、抗体重鎖遺伝子のV遺伝子分節をコードする領域の後半についてゲノム塩基配列の完全解読を行うことによる構造解析を行った。
• カテゴリ: データベース 豚