土壌の物質代謝に関与するグラム陰性細菌の簡易同定手法の開発（６７）

• 課題番号: 62
• 研究機関名: 九州農業試験場
• 研究分担: 生産環境・土微研; 地域基盤研究部・病害遺伝子研
• 研究期間: 継１０～１２
• 年度: 2000
• 摘要: データベース（DDBJ,NCBI,EMBL等）に登録してある1503株の細菌(357属、1233種)の16S rDNAの塩基配列から、４種類の制限酵素(HaeIII, Hha I, Alu I, Rsa I)による切断長を計算し計算値データベースとし、UPGMA法（非加重結合法）により実測値と相違度が低い計算値を有する菌を検索し、グループ化及び各グループの分類群の推定を行うソフトウェアーを作成した。家畜スラリー投与飼料作畑土壌から分離した脱窒菌（１３４株）は本法で１３グループに分類され、本法による同定結果は１６S ｒDNA部分塩基配列に基づく相同性検索による同定結果と一致した。プロテアーゼ生産菌（１２１株）、酸化的PCB分解菌（６０株）、アルキルフェノール分解菌（１３株）、アルカリ耐性菌（４株）はBacillus、Serratia、Xanthomonas、Klebsiella、Alcaligenes、Pseudomonas、Agrobacterium、Aeromonas、Oeskovia/Cellulomonas属細菌と推定された。
• カテゴリ: 耐性菌 データベース