マイクロサテライトマーカーの効率的多型検出及び解析手法の開発（１２）

• 課題番号: 11
• 研究機関名: 畜産試験場
• 研究分担: 育種・家畜ゲノム
• 研究期間: 完９～１２
• 年度: 2000
• 摘要: ９年度はマイクロサテライトマーカーにはＰＣＲ時のアニーリング温度によりアリル間の増幅効率が大きく異なるものが存在し、アニーリング温度の設定が重要であることを示した。１０年度はマーカーの間隔が１０ｃＭ以下であればクロンピック解析によりダブルリコンビネーションを手がかりにしてミスタイピングを効率的に検出できることを示した。１１年度は特定の染色体領域におけるマイクロサテライトマーカーの開発法を検討した。マイクロダイセクション法により切り出した特定の染色体領域からビオチンラベルした（ＣＡ）１０とストレプトアビジン付加磁気ビーズを用いて効率的にマイクロサテライト配列を単離することができた。またヒトのゲノム情報を利用してブタの特定染色体領域に位置する遺伝子を含むＢＡＣクローンを単離し、これらから効率的にマイクロサテライト配列を単離することができた。１２年度はマイクロサテライト近傍のＳＮＰを、マイクロサテライトを含むＢＡＣクローンの部分配列を利用することにより効率的に単離できることを示した。またこれらのタイピングのために蛍光標識オリゴマーと好熱性ＤＮＡリガーゼを用いたオリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ法を開発した。これらの手法により畜試ブタ実験家系（１４３頭のＦ２）用いたＤＮＡマーカーの連鎖地図上のマーカーは日本で開発した４２個を含む３２０個、平均距離は９．３６ｃＭとなった。
• カテゴリ: 育種 ごま DNAマーカー 豚