2013年度   bex-db:Bioinformatics workbench for comprehensive analysis of barley-expressed genes

2012年度   オオムギ発現データベース: bex-db

2012年度   ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) を用いたコムギ6B染色体特異的マーカー開発と評価

2012年度   アズキ裂莢性遺伝子のファインマッピング

2011年度   日本型イネとインド型イネの分岐時間の推定

2011年度   イネの新たな高精度版ゲノムとRAP-DB

2011年度   イネゲノムのアノテーション情報がない領域から塩ストレスで発現誘導されるRNAの網羅的同定と機能予測

2011年度   オオムギ品種「はるな二条」由来の24、783完全長cDNA配列とデータベースの公開

2011年度   イネレトロ遺伝子の網羅的発現解析

2010年度   アフリカ栽培イネ(Oryza glaberrima)のゲノム配列決定

2010年度   アジアの野生及び栽培イネの進化における不完全遺伝子分岐、種間交雑、遺伝子欠失の解析

2010年度   イネの次世代シーケンシングから見る多様性

2010年度   イネ属近縁種の比較ゲノム進化解析

2010年度   次世代型シーケンサーを用いたリン酸欠乏応答にかかわるイネのトランスクリプトーム解析

2010年度   データの積算によるmRNA-seqの網羅性の評価

2009年度   イネアノテーション計画データベース(RAP-DB)

2009年度   IRGSP/RAP build 5アノテーションとRAP-DB新規機能

2009年度   次世代シーケンサーを活用したイネトランスクリプトーム解析パイプラインの開発

2009年度   なくなった遺伝子を復元する～イネ栽培化過程の分子進化

2009年度   高速シーケンサーによる全mRNAの配列決定と遺伝子予測

2009年度   超高速シーケンサーを活用したイネのトランスクリプトーム解析

2008年度   栽培イネと野生イネの比較ゲノム解析で明らかになった栽培イネのゲノム進化

2008年度   イネゲノムの情報基盤構築と活用

2007年度   イネのゲノム進化におけるトランスポゾンの役割

2007年度   イネアノテーションデータベース（RAP-DB）

2006年度   醸造用オオムギはるな二条（Hordeum Vulgare cv. Haruna Nijo）の新規な完全長cDNAライブラリーの構築

2006年度   比較ゲノム解析による栽培イネと野生イネの系統関係の解明

2006年度   醸造用オオムギ「はるな二条」（Hordeum vulgare cv. Haruna Nijo）発現遺伝子の網羅的解析を目指した新規完全長cDNAライブラリーの構築

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2020年度   DNA配列断片(k-mer)の照合による外来性DNAの検出方法

2014年度   コムギのゲノム配列の概要解読

2011年度   オオムギ完全長cDNA 24,783配列をデータベースから公開

2012-2014年   [独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 生物系特定産業技術研究支援センター イノベーション創出基礎的研究推進事業]   Vigna属ゲノムプロジェクト:高度環境適応性研究基盤の構築

2008-2010年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   レトロトランスポジションによって生じたイネ新規機能遺伝子の探索と比較ゲノム解析