カンキツ果実由来の EST データベースの作成

• 担当機関: （独）農業技術研究機構 果樹研究所
• 研究期間: 2000～2004
• 研究担当者: 遠藤朋子; 大村三男; 島田武彦; 藤井浩
• 発行年度: 2002
• 要約: EST （遺伝子の部分的塩基配列）の解析により遺伝子の発現情報が分るため、カンキツ果実由来の EST を大量に解析し、塩基配列や塩基配列から推定された遺伝子機能等の情報をデータベース化した。本データベースはカンキツ遺伝子研究の基盤的情報となる。
• キーワード: カンキツ、遺伝子、EST、データベース
• 背景・ねらい: カンキツ果実の特性に関わる遺伝子を明らかにするために、さまざまな発育時期のカンキツ果実のさまざまな部位から、発現している遺伝子を cDNA （ mRNA を逆転写した相補的な DNA ）の形で網羅的に集めて、それらの部分的な塩基配列（EST）を読み取り、その情報から EST が由来する遺伝子の機能を推定している。これまでに解析した cDNA は 6,000 を越え、カンキツ果実に由来する大量の遺伝子データを得ている。これらの情報を広くカンキツの遺伝子研究に利用していくために、EST に関する配列情報や注釈情報、保存情報等のデータを一元的に管理し、簡単に検索・閲覧することのできるデータベースシステムを開発することにした。遺伝子研究の分野では、ゲノム情報の利用が必須となってきており、カンキツ EST データベースは、果樹の遺伝子研究における基盤的な情報となる。
• 成果の内容・特徴: 1.; データベースの構成を図１に示した。データベースは、EST注釈情報と全体の操作を行うインターフェースを設定したメインデータベース ZEUS と、２つのサブデータベース CHAOS 及び GAIA から構成されている。CHAOS には EST 解析で得られた EST配列情報を、GAIA には EST が由来する cDNA クローンの管理・保存情報が収録されている。また、データベースを利用して作成した DNA マーカーに関する情報が POSEIDON で管理されており、ZEUS とリンクされ、相互に参照可能である。; 2.; データベースは市販のデータベースソフトウエア FileMakerPro5.5（ファイルメーカー社）で作成され、パーソナルコンピュータ（Winsows及びMacOS）上で動く。; 3.; データベースには、果樹研究所カンキツ研究部遺伝解析研究室で解析したすべての EST に関する情報が収録されている（表１）。; 4.; 「カンキツ EST データベース」に登録されている EST に関する各種の情報、例えば、推定された遺伝子名や機能分類のためのキーワード、注釈情報に対して、文字列検索が可能である。
• 成果の活用面・留意点: 1.; 本データベースを用いて、推定された遺伝子名や機能分類のためのキーワード検索を行うことによって、簡単に目的の EST 情報を閲覧することができる。; 2.; 本データベースから派生させたESTの塩基配列のデータベースと塩基配列の相同性を検索するソフトウエア（BLAST）を用いることによって、塩基配列あるいはアミノ酸配列による検索を行い、目的の EST 情報を閲覧することができる。; 3.; EST 解析を行った cDNA クローンはすべて保存されているため、目的の EST がデータベースから検索された場合には、ただちにその EST が由来する cDNA クローンを遺伝子解析の実験に利用することができる。
• カテゴリ: データベース DNAマーカー その他のかんきつ