ブタの散在性反復配列（ＰＲＥ−１配列）のＳＳＣＰ法による解析

• 担当機関: 畜産試験場
• 研究期間: 1996～1996
• 発行年度: 1996
• 要約: ブタの散在性反復配列の1つであるＰＲＥ-1配列が，ブタのゲノム上にどの様に存在しているかを解析するとともに，ＳＳＣＰ（一本鎖立体構造多型）を検出することで連鎖解析用マーカーとして利用可能であるかを検討した。その結果，ＰＲＥ-1配列のＳＳＣＰ法による解析は，ブタの連鎖解析マーカーに使えることがわかった。
• 背景・ねらい: 近年、家畜において多型マーカーを用いた連鎖解析による連鎖地図の作成と、形質との; 連鎖解析により、特定の形質を支配する遺伝子の染色体上の領域を同定する試みが世界的に行われつつある。本研究ではＳＳＣＰ（一本鎖立体構造多型）の検出を利用した新規多型マーカーの開発を目的として行われた。; ＳＳＣＰの検出は高い感度で多型を検出できる方法であるが、多型解析、連鎖解析への有用性についての研究は少ない。そこで、ＳＳＣＰ解析による多型解析、連鎖解析への有用性についての検討を行い、またブタのゲノムより、散在性反復配列の１つであるＰＲＥ－１配列（２３３塩基の基本単位とポリＡ含む配列がブタのゲノム上に多数散在する）をクローン化して、多型性ＤＮＡマーカーとして連鎖解析に利用可能であるかを検討した。

成果の内容・特徴

1. ランダムに選択した６４２個のコスミドクローンの内、約７０％のクローンがＰＲＥ一１配列のプローブに反応し、ＰＲＥ－１配列はブタのゲノム上に広く分布しており、非常に多くのコスミドクローンに見出されることがわかった。
   
2. ＰＲＥ－１配列の全長の塩基配列が決定できた２７個に関して、ＰＣＲ－ＳＳＣＰ解析を行った結果、２４個で多型が検出され、そのうちの１４個は連鎖解析が十分に可能な多型性を示した。現在までに８偶のＰＲＥ一１配列を連鎖解析により連鎖地図上にのせることができている。また、その元となったコスミドをプローブとしたｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼ一ションの結果は連鎖地図にのった染色体と一致していた（表１）。
   
3. あるＰＲＥ一１配列ではその外側にもＳＳＣＰが観察され、ＰＲＥ一１配列の多型と完全に連鎖していた（図１）。
   
4. いくつかのコスミドクローンでマイクロサテライト（連鎖解析によく利用される散在
   性反復配列の一つ）は検出できないがＰＲＥ一１配列は見出され、その数の多さによりマーカーとしての有用性が示された。
   

成果の活用面・留意点

ブタにおいて特定の遣伝子を連鎖解析により連鎖地図に載せる場合、ＰＲＥ－１配列の検索とそのＳＳＣＰ解析は有用な手段の１つとなりうる。

• カテゴリ: DNAマーカー 豚