Tm-shiftタイピング法に基づく一塩基多型マーカー設計の標準工程

• 担当機関: （独）農業・食品産業技術総合研究機構 野菜茶業研究所
• 研究期間: 2007～2008
• 研究担当者: 福岡浩之; 宮武宏治; 根来里美; 布目司; 大山暁男; 山口博隆
• 発行年度: 2008
• 要約: 一塩基多型(SNPs)の安価かつ省力的なマーカー化手法の1つであるTm-shift タイピング法において、反応条件の検討手順の最適化と専用のプライマー設計プログラムの開発によって確立した標準工程に従うと、80%を越えるマーカー化成功率が得られる。
• キーワード: 一塩基多型、SNPs、DNAマーカー、タイピング、Tm-shift、標準工程
• 背景・ねらい: ゲノム全体に高い多型頻度が期待できる一塩基多型(SNPs)の利用は、DNA多型頻度の低い野菜の品種や育種母本を用いたDNAマーカー開発のために重要である。SNPsのマーカー化技術は数多く報告されているが、なかでも安価かつ省力的な手法として期待されるTm-shift タイピング法の反応条件を検討し、それぞれの条件におけるマーカー化成功率に基づいて検討コストの最小化を図るとともに、最適なプライマーの自動設計プログラムを開発し、SNPsマーカー開発の標準工程を確立する。

成果の内容・特徴

1. Tm-shiftタイピング法はSNPsをタイピングする一手法である。それぞれのアリル特異的プライマーに異なる長さの配列を付加して増幅産物の融解温度(Tm)の差異を拡大し、リアルタイムPCR装置を用いて遺伝子型を判定する (図１A)。原報(Wang 図３に示す標準工程に準拠して開発を行うことにより、試行錯誤をせず効率的なSNPsマーカーの作出が可能である。

成果の活用面・留意点

1. 本工程に従い、トマトおよびその近縁野生種et al. (TAG. 108:1212-1220.)を参照のこと。
2. 詳細なマニュアルおよびプライマー設計プログラム「tms_primer_designer」は上記の代表連絡先から入手できる。ホームページからの公開も近く行う予定である。

• カテゴリ: 育種 コスト DNAマーカー トマト 品種