（２）イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

• 課題番号: 2008010709
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
• 協力分担関係: 国立大学法人九州大学; 社団法人農林水産先端技術産業振興センター; 国立大学法人名古屋大学; 独立行政法人産業技術総合研究所; 株式会社グリーンソニア; 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構; 京都府公立大学法人; ホクレン農業協同組合連合会; 国立大学法人岡山大学; 公立大学法人福井県立大学
• 研究期間: 2006-2010
• 年度: 2008
• 摘要: １．研究リソースのTos17突然変異体系統については、約５万系統整備し、データベース公開及び種子の配布業務を実施している。２．約３万８千のイネ完全長cDNAと遺伝解析材料については、配布用のリソースとして適切に整備されており、年間を通して分譲依頼に応えている。３．過剰発現体のFOX系統については、14,000系統の形質転換体を作出したが、種子数が少ない（20粒以下）系統もあり、種子増殖を図っている。新規FOX系統の作出について、20年度から導入遺伝子を転写因子群に絞り作出を進めている。一般公開までには至っていない。４．20年2月に開設したマイクロアレイ解析室オープンラボは、多くの利用者に支えられ、順調に稼働している。20年度の利用者は175人であり、週平均3.4人の利用があった。５．情報リソースの整備として、20年度からマイクロアレイ技術を利用したイネの全生育ステージにおける各器官・組織の発現プロファイルを開始し、約500データを集積した。葉身、葉鞘、茎、根、葯、胚及び胚乳等の48サンプルの遺伝子発現結果について、器官・組織間の相関を調査した。６．転写因子遺伝子ファミリーについて、動物では多細胞化、植物では陸上進出の際に転写因子の種類が飛躍的に増加していることが明らかになった。オオムギの完全長cDNAクローンについては19年度作成したカスタムアレイを用いて種々の条件で遺伝子発現実験を行い、完全長クローンの機能アノテーションを行った。また完全長cDNA配列を公開するためのウエブサイトを充実させた。７．脱粒性遺伝子(sh4)、開花関連遺伝子（Hd1等）について栽培・野生イネにおける配列変異を調査した結果、遺伝子によって非常に多様度が異なることが明らかになった。またイネ種子の粒幅を決定するqSW5遺伝子を単離し、qSH1、Wxとともに解析した結果、東南アジアを起源とする可能性が高いとの結果を得て、発表した。８．オオムギの条性遺伝子(vrs1)について野生オオムギの遺伝子配列を比較することにより、野生二条オオムギから現在の二条・六条ムギが成立する過程を推定した。またオオムギの閉花性遺伝子(Cly1)を1つのORFまで限定した。本遺伝子は転写因子をコードしていた。９．オオムギの出穂期を制御するFTの相同遺伝子候補を導入した形質転換イネの形質調査・発現解析によって1種類のFTの相同遺伝子遺伝子がオオムギの主要な日長反応性遺伝子の一つPpd-H2とおなじであることを明らかにした。10．早刈り後に再生性を示すスーダングラスとソルガムを用いてQTL解析を行った結果、3カ所に再生性(茎数、草丈)に関するQTLを検出した(この部分はQTLゲノム育種研究センターの成果である)。またソルガムの重大な病害である紫斑点病抵抗性遺伝子に関与する遺伝子(ds1)を、約300kbの領域にまで絞り込むことができた。11．植物ドメインデータベースSALADを5月から公開し、プレスリリースを行った(http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/)。現在さらに遺伝子発現データとリンクさせることでバージョンアップしたSALADを開発中である。12．イネの第9染色体リボソームRNA遺伝子領域の特徴を、fiber-FISH法を応用して明らかにした。今までの結果と併せ、イネゲノムプロジェクトで未解読であったほぼ全ての領域の構造を現在の技術で可能な限り明らかにした。13．公開ソルガムゲノム配列からSSRを検出し、30,000以上のSSRマーカー候補を作出した。このうち69％は多型検出に利用可能と推定された。またイントロンを含む一部の領域を増幅し、配列を見た結果、2,500程度の領域にSNPs 又はIndelマーカーを作出可能と判定した(この箇所QTLゲノム育種研究センターと共同担当)。
• カテゴリ: 大麦 ゲノム育種 ソルガム データベース 抵抗性遺伝子