（２）イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

• 課題番号: 2009013980
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター; （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
• 協力分担関係: 社団法人農林水産先端技術産業振興センター; 国立大学法人名古屋大学; 独立行政法人産業技術総合研究所; 株式会社グリーンソニア; 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構; 京都府公立大学法人; ホクレン農業協同組合連合会; 公立大学法人福井県立大学; 国立大学法人神戸大学; 公立大学法人横浜市立大学
• 研究期間: 2006-2010
• 年度: 2009
• 摘要: １．植物ウイルスの感染時における転写状態の変化をマイクロアレイによって調査した結果、病徴の激しいウイルス感染時は転写量の変化が大きかった。２．次世代シーケンサーによって大量に産出される、遺伝子の領域に由来する36塩基からなる短いDNA配列を１億２千万個イネゲノムにマップしたところ約80％がイネゲノム上にマップされ、各遺伝子毎にマップされた頻度（発現量）についてもマイクロアレイの実験と高い相関を示した。３．インド型栽培イネ「カサラス」の第８染色体セントロメアの配列（約2.3Mb）を解読した結果、イネのセントロメアは構造の変異に対して大きな柔軟性を持つことが示された。４．植物ドメインデータベースSALADを更新し、さらに遺伝子発現データとリンクさせたSALAD on ARRAYsを公開し、多くのユーザーから月1,000件を超える利用がある。５．オオムギの穂の開花・閉花を決める遺伝子(cly1閉花性遺伝子)を単離し、アラビドプシスAP2のオルソログ遺伝子HvAP2であることが明らかになった。また閉花性表現型を示す原因は１塩基置換に由来していた。６．ソルガムのSSRマーカーについては公開しており、また国内研究者の利便性を考慮して新規なマーカー候補を作成する支援を行っている。７．研究リソースの分譲に関しては、Tos17変異系統143件（866系統）、イネ完全長cDNA 301件 （1,942クローン）及び遺伝解析20件（789系統）のリクエストがあり適切に配布した。８．マイクロアレイ解析支援のオープンラボは、年間を通して利用者があり順調に稼働している。平成21年度の利用者は、174名であった。９．イネ遺伝子の発現プロファイル作成は、主に植物ホルモン（GA, ABA, IAA, BR, CK）応答遺伝子群の発現プロファイルを実施した。これまでに得られたアレイデータを元に、遺伝子発現データベース（RiceXPro）と共発現解析データベース（RiceFREND）のプロトタイプを作成した。
• カテゴリ: 大麦 植物ウイルス ソルガム データベース