カイコの高密度遺伝地図、物理地図の作成

• 課題番号: 2005007198
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 ゲノム研究グループ 昆虫ゲノム研究チーム
• 協力分担関係: 食品総合研究所; 東京大学; 国立遺伝学研究所; （株）三菱スペース・ソフトウエア
• 研究期間: 継続2001-2007
• 年度: 2005
• 摘要: WGSによる高精度のカイコドラフトシーケンスを得るため、fosmidエンドシーケンス25万リードを決めた。BACエンドシーケンスを用いたSNP解析により、1,100個のBACマーカー(分子マーカー)を28本染色体にマップした。フィンガープリント法によりカイコゲノムの80％をカバーするBACコンティグ(物理地図)を作成した。1,100個以上のcDNAを染色体にマップできた。カイコESTデータベースは現在135,000ESTを収集し、カイコ全遺伝子の85％以上をカバーしている。これを基に80％のカイコ遺伝子が乗ったより高品質のオリゴアレイを作成し、機能解析研究に利用されている。ゲノムシーケンス、EST情報、地図情報を合わせたKAIKObaseを作成し、機能解析研究に利用できる体制を整備した。
• カテゴリ: SNP解析 カイコ データベース 豚