2011年度   イネの新たな高精度版ゲノムとRAP-DB

2009年度   IRGSP/RAP build 5アノテーションとRAP-DB新規機能

2009年度   シロイヌナズナのサイレンシング因子Morpheus'Molecule 1(MOM1)による内在性領域不活性化機構の解析

2009年度   イネアノテーション計画データベース(RAP-DB)

2008年度   イネゲノムの情報基盤構築と活用

2008年度   イネゲノムの情報基盤整備と比較ゲノム解析

2008年度   シロイヌナズナのサイレンシング因子MOM1によるエピジェネティックな制御を受ける内在性領域の網羅的検出

2008年度   シロイヌナズナのサイレンシング因子MOM1によるエピジェネティックな制御を受ける内在性領域の網羅的検出

2007年度   イネアノテーションデータベース（RAP-DB）

2005年度   A three-dimensional-structure database of natural metabolites (3DMET): Its development and analysis of descriptors between two conformers.

2005年度   Development of a Three-Dimensional-Structure Database of Natural Metabolites (3DMET) and Problems about Conversion from 2D to 3D-Structures.

2002年度   イネゲノム自動アノテーションシステム：RiceGAAS

2002年度   An automated rice genome annotation by RiceGAAS

2000年度   イネ戻し交雑後代系統を用いたＵＶ－Ｂ感受性に関与するＱＴＬのマッピング

2014年度   植物保護能力をもつ国内産バイオコントロール細菌の同定とゲノム解析

2009年度   組換え作物に導入した遺伝子が不活性化されるしくみの一端を解明

2008年度   イネいもち病菌EST配列を用いた高精度遺伝子同定とデータベース構築

2006年度   イネゲノム全塩基配列の詳細なアノテーション構築

2005年度   イネの遺伝子の発現に係わるCpGアイランド様ゲノム領域

2002年度   イネゲノム重要部分の全塩基配列の解読終了

2002年度   GO用語検索支援システムの開発