遺伝子地図作成のためのワークベンチ　gRanch

• 担当機関: 畜産試験場
• 研究期間: 1995～1995
• 発行年度: 1995
• 要約: 連鎖地図作成時のデータ入力や修正、lod score 解析や連鎖地図作成が可能なクライアンソフト gＲanch を開発した。また、gＲanchは家畜ゲノムデータベースを検索して、種間のマッピングホモロジーを表示、検索する機能を持っている。
• 背景・ねらい: 分子レベルでの家畜の育種改良を行うためには、遺伝子地図などの家畜遺伝子に関する情報を的確に検索、利用することが必要になる。そこで、畜産試験場では家畜ゲノムデータベースを構築し、 Ｗorld Ｗide Ｗed （ＷＷＷ）を用いて簡単に検索できるシステムを開発し、インターネットを通して公開している（図1）.しかし、連鎖解析データの入力や管理においてはセキュリティーを強化する必要があり、また、ＷＷＷは機能的に限られるために高度な検索には不向きであった。そこで、専用のクライアントソフト gＲanch を開発した。

成果の内容・特徴

1. 　遺伝子地図作成のための専用クライアントソフト gＲanch を Ｔcl/Ｔk 言語を用いて開発した。インターネットに接続されたマシンに gＲanch を搭載することにより、畜産試験場に設置されたサーバーと通信して、連鎖解析データの入力や修正、lod score 解析、連鎖地図の作成、家畜ゲノムデータベースの検索、種間のマッピングホモロジーの表示などがパソコン並の使いやすさで利用することができるようになる。
   
2. 　連鎖解析データを入力したり、修正したりする場合には、gＲanch はユーザＩＤとパスワードによって利用権限と所属組織をチェックした後、サーバー上の連鎖解析データベースを検索して、入力可能な値のリストを表示する。ユーザーはその中からマウスで選択するだけでよいため、誤入力を大幅に防止することができる（図2）。
   
3. 　家畜ゲノムデータベースの検索においても、gＲanch は染色体物理地図と連鎖地図を統合した表示、検索が可能であり（図３）、さらに２種類の種間マッピングホモロジーを表示することができる（図４）。また、クライアント側でマップなどのイメージデータを作成するため、インターネットに低速で接続している場合でも十分な応答速度が得られる。
   

成果の活用面・留意点

1. gＲanch は豚のＤＮＡ育種事業参加道県に利用していただくことになっている。
   
2. 現在はＴcl/Ｔk 言語が使えるＵＮＩＸワークステーション上でしか利用できない。
   
3. 交流研究の成果であるために、無償譲渡できないなどの問題点がある。
   

• カテゴリ: 育種 データベース 豚