| タイトル |
植物遺伝子の発現制御領域の塩基配列モチーフのデータベース（PLACE）構築 |
| 担当機関 |
農業生物資源研究所 |
| 研究期間 |
1998～1998 |
| 研究担当者 |
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| 発行年度 |
1998 |
| 要約 |
高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加してデータベースを作成した。解析ツールSignalScanによって質問配列を検索可能になり、WWWを利用して公開した。
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| 背景・ねらい |
植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域（シスエレメント）中の塩基配列モチーフのデータベースと適切なホモロジー解析ツールがあれば、植物から単離された遺伝子の塩基配列から、その遺伝子の発現している組織、ホルモンやストレスによる誘導の有無などを推定し、実験を組み立てるのに役に立つと期待される。既存のシスエレメントモチーフのデータベースでは、高等植物のシスエレメントは非常に数少ない。そこで高等植物遺伝子の発現制御に関わるシスエレメント塩基配列モチーフを収集し、PLACE (PLAnt Cis-Element) データベースを構築することにした。
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| 成果の内容・特徴 |
- 文献をサーベイしてモチーフ塩基配列、特徴などを含めた解説、文献等を入力し集積した。別の遺伝子や別の植物等でその後に報告されたバリエーションも独立したモチーフとして含めた。1998年10月までの時点で208件の配列データを収集した（Rel.3.1）。
- それぞれのモチーフに関するドキュメントは、WWWブラウザーでWAISによって、キーワード検索して読むことができる。
- 塩基配列の解析ツールとして導入したWWW Signal Scan によって、質問配列をコピーアンドペーストして検索を実行すると、約１秒後に結果が表示される。表示の仕方は、存在するモチーフ名のアルファベット順にリスト、質問配列上にマップ表示、質問配列の5'側からの順にリスト、の３通りから選択できる。(図１、図２）
- ドキュメントの中にはアメリカNCBI/NIHの文献要旨データベースPubMedIDナンバー及びGenBankアクセッションナンバーが表示されている。これをクリックすることによりそれぞれのデータベースに飛んで、文献の要旨を読んだり、関連塩基配列に関するデータを入手出来る。
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| 成果の活用面・留意点 |
本データベースはインターネット上で公開されており、誰でも利用できる。URLは(http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/)。データベースは年２回以上の更新を予定している。毎月約400回のWWW Signal Scan利用があり、半数が外国からのアクセスである。
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| 図表1 |
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| 図表2 |
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| カテゴリ |
データベース
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