| タイトル |
ＲＬＧＳ法の改良と画像解析によるイネ品種間の遺伝的多型分析 |
| 担当機関 |
四国農業試験場 |
| 研究期間 |
1996～1997 |
| 研究担当者 |
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| 発行年度 |
1996 |
| 要約 |
ＲＬＧＳ法を改良し画像解析装置と組み合わせた解析法を確立し、それによって遺伝的に近縁な日本のイネ品種間でＤＮＡレベルでの遺伝的多型を効率的に検出ることができる。
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| 背景・ねらい |
特定の品種の間で多数の多型的なＤＮＡマーカーを得ることが個々の形質の遺伝分析や遺伝的多様性の把握において重要である。しかし、日本のイネ品種のように遺伝的近縁性の高い品種間でＤＮＡレベルでの遺伝的多型を多くの遺伝子座について検出するためには、ＲＦＬＰやＰＣＲを用いた分析法では同じ実験操作を繰り返し行ってスクリーニングする必要があり、効率的でない。そこで、多型検出能力を向上させるため，新しいＤＮＡフィンガープリントとしての可能性をすでに確認したＲＬＧＳ（ゲノム・スキャニング）法の実験手順を簡便化し、画像解析装置と組み合わせる。
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| 成果の内容・特徴 |
- ＲＬＧＳ改良法（浅川１９９６）をイネＤＮＡの解析のために改変し、得られたＲＬＧＳプロファイルを画像解析装置で解析する。イネＤＮＡ２５０ngをＮｏｔⅠ、ＥｃｏＲＶで同時に消化後ＲⅠで標識化する。そのうちＤＮＡ１００ngをアガロース・ゲル電気泳動（１次元目）し、ゲルのままＭｎｏⅠで消化し、ポリアクリルアミド・ゲル電気泳動（２次元目）する。ゲルを乾燥後オートラジオグラフィでＸ線フィルムに感光させる。得られたＲＬＧＳプロファイルを画像解析装置（東洋紡、解析ソフトウェアはＰＤＩ社ＰＤＱＵＥＳＴver.5.1 PC version）のスキヤナーで取り込み、バックグラウンドを除去し、スポットの位置と強度を検出し、特定の品種間で比較する。
- ＲＬＧＳ改良法と画像解析装置を用い、相互に近縁な日本の在来品種（愛國、旭、十石、亀治、亀ノ尾、大場、竹成、神力）のＲＬＧＳ２プロファイルから約１０００個の明瞭なスポットの見られた領域を選ぴ解析する。任意の２品種問の比較では各品種に特異的なスポットの和が平均約１６６個検出でき、各品種間の類似度を計算するといずれも０．９０２から０．９２８という値が得られる（表１）。
- 同じ領域を兄弟品種であるコシヒカリ、越路早生、ハツニシキ、ホウネンワセ、ヤマセニシキ、ならぴにひとめぼれ、ササニシキを調査すると、ＲＬＧＳプロファイルはきわめてよく似ているがそれぞれの品種を明瞭に識別できる。その類似度は在来品種間よりも高く、０．９３６から０．９５９である（表２）。
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| 成果の活用面・留意点 |
- イネ以外の作物にも応用可能である。ゲノムサイズに応じて供試ＤＮＡ量ないしはオートラジオグラフィの時間を調整する必要がある
- 現段階では電気泳動の解像度による検知限界や機械的なスポットの認識の過程で生じる誤差（誤認識）を完全には排除できないため相互に異なるスポットの数を過大に評価し品種の類似度を過小に評価している可能性は残る
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| 図表1 |
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| 図表2 |
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| カテゴリ |
乾燥
DNAマーカー
品種
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