イネの胚，胚乳および葉から抽出した全DNAのRLGSプロファイルの差異

• 担当機関: 四国農業試験場
• 研究期間: 1999～1999
• 研究担当者: 河瀨眞琴; 石原次郎; 富岡啓介
• 発行年度: 1999
• 要約: イネの胚，胚乳および葉から抽出した全DNAのNotＩサイトをランドマークとするRLGSの2次元スポットプロファイル間には，高コピーDNA領域に対応する特定のスポットに強度差があり，DNA構造が器官やステージで異なることが示される。
• 背景・ねらい: 穀物品種の識別・同定へのDNA多型検出法の適用が望まれている。そこで，DNA多型を高率に検出し得るRLGS（ゲノム・スキャニング法）を駆使した穀粒1粒単位での品種識別法の確立のための基礎的な知見の集積のため，イネの胚，胚乳および葉から抽出した全DNAのRLGSプロファイルを比較する。

成果の内容・特徴

1. 玄米の胚1粒，胚乳1粒および葉のそれぞれから抽出した全DNAを用い，メチル化感受性の制限酵素であるNotＩの認識サイトをランドマークとするRLGSの2次元スポットプロファイルを得て互いに比較することにより，高コピーDNA領域に対応する幾つかの特定のスポットに強度差が認められる（図）。
2. 強度差が認められるスポットは，コシヒカリ，ササニシキ，ひとめぼれ，あきたこまち，ヒノヒカリ，日本晴，きらら397，ゆきひかり，キヌヒカリ，むつほまれ，初星，はえぬき，朝の光および中生新千本の14品種に共通して検出され，特に胚と胚乳間の強度差パターンは同様の傾向がある。
3. RLGSプロファイルのスポット強度は，そのスポットに対応するDNA領域のコピー数を反映し，ランドマークをメチル化感受性制限酵素認識サイトにするとそのDNA領域のメチル化程度も反映する。よって，メチル化感受性制限酵素であるNotＩの認識サイトをランドマークとして見出されたスポット強度差は，同一植物個体でもDNAの構造（コピー数ないしは修飾程度）が器官やステージで異なることを示す。

成果の活用面・留意点

1. メチル化感受性制限酵素認識サイトをランドマークとするRLGSでの品種識別は，検体の器官や生育ステージを揃えることが望ましい。また，高コピーDNA領域に対応するスポットに品種間差があっても，これは品種識別基準から除外する必要があり，RLGSプロファイルの再現性にはこれらの点に留意が必要である。
2. 検出されたスポットの強度差の原因については，対応するDNA領域を解析して明らかにする必要がある。

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