マイクロアレイデータ解析のための簡易型データベース管理システムの構築法

• 担当機関: （独）農業技術研究機構 東北農業研究センター
• 研究期間: 1999～2001
• 研究担当者: 米丸淳一; 中村俊樹; 齊藤美香; 新畑智也（（株）日本製粉中央研究所）
• 発行年度: 2001
• 要約: マイクロアレイ解析で利用される多量のデータを効率的に処理し統合するため、Stand-alone BLAST、Perl及びWindowsEXCELのマクロを用いて、EXCEL をプラットホームにした簡易型データベース構築法を考案した。
• キーワード: マイクロアレイ、データベース、Windows EXCEL
• 背景・ねらい: マイクロアレイ解析では、多数のcDNAクローンのannotationおよび遺伝子発現データを伴うため、総合的なデータベースが必要である。しかし、総合的データベースのソフトは高価であり、使用方法も煩雑な場合が多い。; そこで、市販のWindows EXCELをプラットホームにし、簡易型データベースを半自動的に作成する方法を考案し、マイクロアレイで得られたデータ解析の補助とする。
• 成果の内容・特徴: 1. ; EST化されたcDNAクローンは、ハードディスクにダウンロードされたデータベースを用いたstand-alone BLASTを用いてホモロジー検索を行い、出力結果はhtml形式で保存する（図－A）。; 2. ; html形式の出力結果から最も高い類似度を持つ遺伝子情報をPerlで抽出し、cDNAクローンのannotation とする（図－B）。; 3. ; 得られたcDNAクローンのannotationは統合された後、EXCEL上に元のhtmlファイルとHyper-Linkする形でデータベース化する（図－D）。; 4.; マイクロアレイで得られた遺伝子発現データはPerlで処理した後、図－Dで得られたデータベースと統合する。その後、EXCELのマクロを利用しcDNAクローンの類似度及び遺伝子発現データを色分けする（図－C、E）。; 5.; 本データベースは、EXCELを用いた簡易型であるが、汎用性があり自由に仕様を変更できる。また、cDNAクローンの類似度や遺伝子発現データが色分けにより可視化されているため、概観的にデータを捉える事ができる。さらには、cDNAクローンのannotationは、元のhtmlファイルとHyperLinkしているため、クリックするだけで自動的にhtmlファイルを呼び出せ、そのファイルから関連情報をWWWから取得が可能である。
• 成果の活用面・留意点: 1. ; 解析用専用コンピュータを含めた研究資源が不足している比較的小さな研究グループなどでは、解析及び解析方法の一例として有効的に活用できる。; 2. ; cDNAクローンの発現分類を行うための統計的手法については、別途検討を要する。; 3.; 半自動化のため、バッチコマンドやPerlに対する知識が必要であり、EXCELが導入されていない場合やOSがMacintoshの場合は別途検討が必要である。
• カテゴリ: 管理システム データベース