野菜DNAマーカーデータベース「VegMarks」

• 担当機関: （独）農業・食品産業技術総合研究機構 野菜茶業研究所
• 研究期間: 2004～2005
• 研究担当者: 福岡浩之; 布目 司; 宮武宏治; 松元 哲; 吹野伸子; 塚崎 光
• 発行年度: 2005
• 要約: DNAマーカーデータベース「VegMarks」は、野菜茶業研究所で開発された各種野菜のDNAマーカーの情報をまとめたものである。野菜の育種・遺伝研究の情報基盤として、インターネットを介して広く利用できる。
• キーワード: 野菜、DNAマーカー、データベース
• 背景・ねらい: 各種の野菜において、有用形質の遺伝解析やマーカー選抜法開発のために開発されたDNAマーカーの情報を研究上利用しやすい形に取りまとめ蓄積するとともに、これを国内外の野菜の遺伝・育種研究者へ広く公開するためのデータベースを構築する。
• 成果の内容・特徴: 1.本データベース「VegMarks」（図1、http://vegmarks.nivot.affrc.go.jp/index.php）には野菜茶業研究所で開発された野菜のDNAマーカーの情報が蓄積されており、インターネットを介して一般に公開されている。2005年12月現在、ナス（130個）、ハクサイ（120個）、ネギ（166個）、メロン（143個）のマーカー情報が登録されている。2.VegMarksには野菜の品目別にマーカー名、連鎖群上の座乗位置、マーカー断片長などの基本的な情報に加えて、品種系統間の多型情報などの二次的な文字情報やマーカーの電気泳動像などの画像情報が蓄積されている（図2）。3.本データベースはLinuxをOSとする専用サーバー上にPostgreSQLを用いて構築され、PHPを用いて制御されている。ウェブサーバープログラムにはApache+SSLを用いている。
• 成果の活用面・留意点: 1.本データベースではゲストユーザーとして公開データの閲覧が可能である。研究途上の非公開データの閲覧やデータの登録・改変には、別途ユーザー登録申請が必要である。2.農林水産省研究ネットワーク外からの一般利用の開始は、2006年度初頭を予定している。
• カテゴリ: 育種 茶 データベース DNAマーカー なす ねぎ はくさい 品種 メロン