タイトル | インフルエンザウイルスゲノム自動解析ソフトウェア「FluGAS」の開発 |
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担当機関 | (国研)農業・食品産業技術総合研究機構 動物衛生研究部門 |
研究期間 | 2015 |
研究担当者 |
内田裕子 西藤岳彦 竹前喜洋 常國良太 金平克史 岡岳彦 中村雄一郎 |
発行年度 | 2017 |
要約 | 次世代シーケンサーで得られたインフルエンザウイルス塩基配列情報を迅速に解析することを目的に開発した本ソフトウェアは、解読したウイルス塩基配列を元に型別及び亜型同定や、遺伝子分節ごとの配列情報ファイル作成を自動的に行う。 |
キーワード | インフルエンザウイルス、型別、亜型同定、自動解析、次世代シーケンサー |
背景・ねらい | A型インフルエンザウイルスは家畜衛生及び公衆衛生の観点から重要な病原体である。A型では赤血球凝集素が18亜型、ノイラミニダーゼが9亜型に分けられる。H5及びH7亜型のA型インフルエンザウイルスは、2003年以降世界各地の家禽で高病原性鳥インフルエンザ(HPAI)を引き起こし、世界的な食料の安定供給に影響を及ぼしている。この為、家畜伝染病予防法ではH5及びH7亜型のA型インフルエンザウイルスは、家禽への症状の有無に関係なく、摘発淘汰の対象としており、家禽から分離されるA型インフルエンザウイルスの亜型を正確かつ迅速に決定することは家畜防疫上大変重要である。また、公衆衛生上も、AおよびB型インフルエンザウイルスによる季節性インフルエンザの予防のためのワクチン選定や薬剤耐性ウイルスの解析には、大量のウイルスに関する迅速なゲノム解析が必須である。次世代シーケンサーは迅速なウイルスゲノム解読を可能としたが、その膨大な解読データから正確かつ迅速に型・亜型の同定や、遺伝子分節別塩基配列ファイルの作成を自動的に行うソフトウェアの開発が求められている。 |
成果の内容・特徴 |
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成果の活用面・留意点 |
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研究内容 | http://www.naro.affrc.go.jp/project/results/popular/result050/2017/17_056.html |
カテゴリ | 飼育技術 データベース 薬剤耐性 |