計算科学的手法によるタンパク質の構造・機能推定技術の開発（Ａ３３１）

• 課題番号: 2004005137
• 研究機関名: 農業生物資源研究所
• 研究分担: 農業生物資源研究所 ゲノム研究グループ ゲノム情報研究チーム
• 協力分担関係: （株）三菱総合研究所; 日本電気（株）; 東京大学; 九州大学; 大阪大学; 東京工業大学; 京都大学; 長岡技術科学大学; 熊本大学; 北海道大学
• 研究期間: 継続2001～2005
• 年度: 2004
• 摘要: 構造最適化されたD-エリスルロース還元酵素(ER)－基質複合体構造において、基質認識に関わると考えられる水素結合形成部位は4ヶ所観察されたが、四量体カルボニル還元酵素－基質複合体では活性中心の1ヶ所であった。この水素結合サイト数の違いが２つの酵素の基質認識(結合性)の差に対応しているものと考えられた。また、ERはShort Chain Dehydrogenase/reductase(SDR)ファミリに属するタンパク質であるが、このファミリに属するタンパク質の立体構造はこれまでに四量体(4種)、二量体(6種)の2種類の分子種が報告されている。これらのタンパク質分子に対して、溶媒接触表面積(ASA)を利用して会合面を検出したところ、四量体ではどのタンパク質においても同じ分子表面を利用して会合し、二量体の場合は四量体で用いられる2種類の会合面のいずれかが利用されていた。このことからSDRファミリタンパク質は四量体における2種類の会合面によって多量体を形成する特性を保持したまま、各酵素へと進化したものと考えられた。