2014年度   Quantitative trait locus analysis of resistance to panicle blast in the rice cultivar Miyazakimochi

2014年度   Exploring the areas of applicability of whole-genome prediction methods for Asian rice (Oryza sativa L.)

2012年度   日印交雑により国内育成された多収イネ品種のゲノム構造解析に適したSNPセットの作成

2012年度   開花期が他の形質に与える影響の構造方程式モデル（SEM）を用いた定量化：出穂期が稈長及び穂長に与える影響

2012年度   日本の超多収イネ品種に必須なインド型ゲノム領域の表現型アノテーション

2011年度   SNPアレイを用いた多収イネ品種「ミズホチカラ」の系譜ハプロタイプマップの作成の試み

2011年度   日本水稲品種群における感光性遺伝子Hd1と到穂日数のアソシエーション解析

2011年度   生物の形を計る、遺伝子を探る、予測する

2011年度   コメ粒形のゲノムワイドアソシエーション解析とゲノム情報に基づく予測

2011年度   私たちの未来を支える多様な食糧・農業生物遺伝資源とゲノムリソース

2011年度   発育予測モデルおよびゲノムワイドデータに基づく日本水稲品種群の出穂日予測

2011年度   日本イネ品種におけるコメ品質のゲノムワイドアソシエーション解析と予測

2011年度   栽培イネ由来SNPの野生稲解析への適用性

2011年度   イネ育種におけるゲノミックセレクションの精度：シミュレーションと実データによる評価

2011年度   イネ戻し交雑自殖系統群を用いたメタボロームQTL解析、特異代謝物構造解析および生合成関連遺伝子の解析

2011年度   イネ種子のハイスループット粒形計測ソフトウエアの開発

2011年度   携帯端末を活用した圃場でのイネ形質評価の効率化

2011年度   育種は水稲のゲノム構造をどう変えたか－SNPハプロタイプが明らかにする90年の歴史－

2011年度   日本水稲品種の育種選抜において出穂期QTLの影響は排除できるか

2011年度   日本水稲品種群を使ったゲノムワイドアソシエーション解析

2010年度   農学研究のための植物の生長センシング技術の開発

2010年度   SNPアレイを用いた在来品種の大粒に寄与するQTLの検索

2010年度   ゲノムワイドSNPに基づく栽培イネのハプロタイプブロック同定の試み

2009年度   日本稲の多様性解析コアSNPの選定

2009年度   コシヒカリを構成する在来品種由来の系譜ハプロタイプの解析とその現代栽培イネ品種への伝達

2009年度   SNPアレイを用いて推定した日本の超多収イネ品種群のゲノム構成

2009年度   イネいもち病圃場抵抗性遺伝子pi21の単離同定

2008年度   次世代シークエンサーによるコシヒカリゲノム解読と日本稲品種間のSNP解析

2008年度   イネジャポニカ栽培化過程におけるSemidwarf1の人為選抜の検証

2008年度   次世代シーケンサによるイネの近縁品種間におけるゲノムワイドなSNP検出とその利用

2008年度   作物育種とゲノミクス －遺伝子選抜からゲノム選抜へ－

2008年度   日本イネ品種から見出された半矮性に関係する新規なQTL

2008年度   日本及び世界のイネ294品種の穂形質についての主成分分析

2008年度   次世代シークエンサーによる日本のイネ品種コシヒカリのゲノム解読によるゲノムワイドなSNPの検出

2008年度   次世代シークエンサーによるイネゲノム解読とＳＮＰ検出

2008年度   SNPアレイによるイネのゲノムワイドジェノタイピング系の構築

2008年度   SNP多型情報にもとづく日本の近代育成イネ品種群のゲノム構成

2008年度   イネコアコレクションを利用したSNP検出

2008年度   ゲノム情報を利用したイネ遺伝資源の多様性解析

2006年度   2値, 順序カテゴリ, 打ち切り形質のための高精度アソシエーションマッピング法の開発

2006年度   イネコアコレクションのDNA変異カタログ

2006年度   アジア栽培イネのSNP解析－第6および第7染色体－

2006年度   イネの穂形質に関する連関解析

2006年度   イネいもち病圃場抵抗性遺伝子pi21の単離

2006年度   マルコフ連鎖モンテカルロ法を応用した高精度アソシエーションマッピング法の開発

2006年度   イネ遺伝資源を用いた連鎖不平衡マッピングシステムの開発

2006年度   イネSNP/indel情報の蓄積とDNA多型・形質間連関解析システムの開発

2006年度   イネの栽培化過程で脱粒性の喪失の原因となったSNPの同定

2006年度   イネのアレロパシー関連物質の検索

2006年度   イネAゲノム近縁野生種の Diversity Research Set 作成に向けた多様性解析II. 候補系統の選定

2006年度   レトロポゾン及びレトロトランスポゾンマーカーを用いたイネ属(Oryza)ゲノム間における近縁関係の解析

2006年度   イネの栽培化過程で脱粒性の喪失の原因となったSNPの同定

2006年度   p-SINEマーカーを用いた栽培及び野生種イネコレクションにおける詳細な系統解析

2006年度   イネAゲノム近縁野生種のDiversity research set作成に向けた多様性解析

2005年度   イネ脱粒性qSH1の単離

2004年度   SSRに基づく日本のイネ・コアコレクションの作成

2004年度   アジア栽培イネにおけるゲノムワイドな連鎖不平衡

2004年度   イネの水抽出物がレタス実生に及ぼす生育抑制効果の種間および品種間変異

2004年度   コアコレクションの選定と連鎖不平衡（LD)解析

2004年度   RFLPに基づく世界のイネ・コアコレクションの作成

2001年度   ベトナム在来イネ品種における品種内変異の解析

2001年度   RFLPマーカーを用いたベトナムイネの種内変異の解析

2001年度   残存調査による茨城県及び福島県における作物在来品種の農家保存の実態

2001年度   イネの他感作用とネクロシス発現に関するＱＴＬ解析

2001年度   ネパールにおけるソバ属野生種の生息域内保存のための現地調査と遺伝的多様性の解析

2001年度   残存調査による茨城県及び福島県における作物在来品種の農家保存の実態

2001年度   RAPDマーカーによる日本産Brassica napus遺伝資源の遺伝的多様性解析

2000年度   Interspecies variability of oats by RADP-markers

2000年度   日本のアワ遺伝資源に関するＲＡＰＤ解析

2000年度   Production of near-isogenic lines of common wheat for glaucousness and genetic basis of this trait clarified by thier use.

2000年度   和歌山県、奈良県および三重県における作物在来種の調査と収集

2000年度   茨城県北部における作物在来品種の残存調査

2000年度   Genetics and breeding stategy of rice allelopathy.

2000年度   Rice allelopathy: screening strategy and genetic variation．

2000年度   イネ水抽出物のレタス種子に対する生育抑制効果に見られる品種間差

2000年度   茨城県北部における作物在来品種の残存調査

2000年度   新たに導入したイネ系統の他感作用の検定と圃場試験

2000年度   Variation in the allelopathic effect of rice with　water-soluble extracts.

2000年度   RAPDマーカーを用いたエンバク属植物の類縁関係の解析．

2000年度   Analysis of QTL associated with the allelopathic effect of rice using water-soluble extracts

2000年度   新たに導入したイネ系統の他感作用の検定と圃場試験

2000年度   Genetic diversity in Japanese rapeseed and swede (Brassica napus L.) germplasm based on RAPD markers

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2020年度   室温-1°C、湿度30%の貯蔵庫で保存された作物50種の種子寿命の推定

2020年度   イネコアコレクションのゲノム解析による高効率な遺伝子多型の検出

2016年度   自殖性作物の長期改良に島モデル型ゲノミックセレクションが活用できる

2013年度   「宮崎もち」の新規穂いもち抵抗性QTL qPbm11は単独で作用する

2013年度   イネ品種「コシヒカリ」から出穂期を早める遺伝子を特定

2012年度   粒形情報を簡便かつ迅速に抽出するソフトウエアの開発

2010年度   イネ穂発芽耐性遺伝子Sdr4の単離

2010年度   「コシヒカリ」の全ゲノム塩基配列解読

2009年度   イネいもち病ほ場抵抗性遺伝子pi21の単離同定

2009年度   作物遺伝資源を用いてベイジアンアソシエーション解析によりQTLを検出する方法

2008年度   コメの粒幅を大きくしたDNA変異の同定とイネ栽培化における役割の解明

2006年度   イネ栽培化の鍵となった脱粒性抑制遺伝子を同定

2004年度   栽培イネ・コアコレクションの作成

2002年度   イネ種子寿命を制御する量的形質遺伝子座

2014-2016年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   開放系大気CO2増加および温暖化実験を利用した気候変動適応イネ遺伝子型の探索

2013-2015年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   環境適応型品種をデザインするための統合的モデル化手法の開発

2010-2012年   [独立行政法人日本学術振興会 科学研究費助成事業]   ゲノミックセレクションを活用した革新的作物育種システムの構築

2008-2012年   [農林水産省 農林水産技術会議]   自然変異を利用したイネ実験系統群の作出 （略称：自然変異、NVR）