2014年度   Transcriptome analysis of barley identifies heat shock and HD-Zip I transcription factors up-regulated in response to multiple abiotic stresses

2014年度   Multiple functional polymorphisms in a single disease resistance gene in rice enhance durable resistance to blast.

2013年度   A natural variant of NAL1, selected in high-yield rice breeding programs, pleiotropically increases photosynthesis rate_x000D_

2013年度   Control of root system architecture by DEEPER ROOTING 1 increases rice yield under drought conditions_x000D_

2012年度   次世代シーケンサを用いたコムギ6B染色体の塩基配列の解読

2012年度   栽培イネ「カサラス」染色体の物理地図構築及び塩基配列解析

2012年度   ジーンターゲッティングイネにおける“ゲノムのきれいさ”の証明

2012年度   RNA-Seq法による感染時のイネといもち病菌同時遺伝子発現プロファイル解析

2012年度   オオムギ発現データベース: bex-db

2012年度   イネの新規重力応答遺伝子Dro1による耐乾性の改良

2012年度   コムギ6B染色体塩基配列の解読に向けたBAC物理地図の構築

2012年度   RNA-Seq法によるカドミウムストレス応答に関わるイネトランスクリプトーム解析

2012年度   ソルガムの紫斑点病耐性遺伝子(ds1)多型の地理的分布

2012年度   ソルガムの紫斑点病感染で発現誘導される遺伝子群の解析

2011年度   ソルガムのアノテーション情報がない領域から紫斑点病感染で発現誘導される遺伝子の同定

2011年度   ソルガム紫斑点病の耐性遺伝子(ds1)の単離

2011年度   ソルガム紫斑点病耐性遺伝子(ds1)の単離と栽培品種間多型

2011年度   ソルガムにおける紫斑点病耐性遺伝子(ds1)のアリルと地理的分布

2011年度   mRNA-Seq法によるリン酸欠乏及びリン酸過剰ストレス処理で応答するイネ転写産物の同定

2011年度   全ゲノム塩基配列解析によるイネソマクローナルバリエーションの解析　トランスポゾン転移の検出

2011年度   mRNA-Seq法によるリン酸欠乏及びリン酸過剰ストレス応答にかかわるイネのトランスクリプトーム解析

2011年度   イネゲノムのアノテーション情報がない領域から塩ストレスで発現誘導されるRNAの網羅的同定と機能予測

2011年度   オオムギ品種「はるな二条」由来の24、783完全長cDNA配列とデータベースの公開

2011年度   新規シトクロムP450遺伝子CYP72A31はイネにおける除草剤ビスピリバックナトリウム耐性に関与する

2011年度   イネレトロ遺伝子の網羅的発現解析

2011年度   イネソマクローナルバリエーションの全ゲノム塩基配列解析.IV.点変異の変異スペクトラム

2011年度   イネソマクローナルバリエーションの全ゲノム塩基配列解析. V.トランスポゾン転移の検出

2011年度   全ゲノム塩基配列解析による再分化イネのソマクローナル変異解析-トランスポゾン転移とコピー数多型の検出-

2011年度   イネソマクローナルバリエーションの全ゲノム塩基配列解析. VI. 挿入・欠失の検出

2011年度   オオムギ完全長cDNA 24,783 配列をデータベースから公開

2011年度   国産ダイズ品種エンレイの次世代シークエンサーによるゲノム解析

2011年度   イネの新たな高精度版ゲノムとRAP-DB

2011年度   アジアイネ栽培系統の独立な栽培化と交雑過程の解明

2011年度   イネ深根性遺伝子Dro1は乾燥回避能力を高める

2011年度   イネいもち病抵抗性QTL, qBR4-2は3個の遺伝子座で構成される

2011年度   A wheat homolog of Mother of FT and TFL1 acts in the regulation of germination

2011年度   リン酸欠乏ストレス条件下におけるイネ品種間の比較トランスクリプトーム解析

2010年度   ソルガムの節間伸長に関するQTL解析

2010年度   イネ出穂期関連遺伝子RFT1の機能を低下させる変異について

2010年度   次世代型シーケンサーを用いたリン酸欠乏応答にかかわるイネのトランスクリプトーム解析

2010年度   有機リン系殺虫剤によるソルガムの薬害に関する遺伝子領域の解析

2010年度   データの積算によるmRNA-seqの網羅性の評価

2010年度   パンコムギ物理地図作成のための反復配列の利用

2010年度   イネ収量に関与する遺伝子GW2とGIF1における塩基配列の多様性及びハプロタイプ解析

2010年度   オオムギ種子休眠性QTL“Qsd1”の精密マッピング

2010年度   次世代シーケンサーを用いたイネミュータントパネル系統のソマクローナルバリエーションの点変異スペクトラム解析

2010年度   イネソマクローナルバリエーションの全ゲノム塩基配列解析.III. コピー数多型

2010年度   大規模集団を用いたパンコムギ種子休眠性遺伝子座Phs1の精密マッピング

2010年度   アフリカ栽培イネ(Oryza glaberrima)のゲノム配列決定

2010年度   イネ属近縁種の比較ゲノム進化解析

2010年度   イネの次世代シーケンシングから見る多様性

2010年度   アジア栽培種イネ及び祖先種野生イネ間における病害抵抗性遺伝子クラスター領域のゲノム構造比較

2009年度   次世代シーケンサーを用いたイネミュータントパネル系統のソマクローナルバリエーションの解析

2009年度   不良環境下における浮イネの環境適応性の遺伝子解析

2009年度   イネソマクローナルバリエーションの全ゲノム塩基配列解析・新たな変異リソース

2009年度   イネ出穂期及び収量性に関連する機能遺伝子領域のゲノム動態から分かること

2009年度   栽培種及び近縁野生種イネ集団を用いたイネ収量性関連遺伝子領域における塩基配列の多様性及びハプロタイプ解析

2009年度   超高速シーケンサーを活用したイネのトランスクリプトーム解析

2009年度   高速シーケンサーによる全mRNAの配列決定と遺伝子予測

2009年度   パンコムギのゲノムにおけるα/βグリアジン多重遺伝子の重複と分化

2009年度   ソルガムにおける乾汁性遺伝子のマッピング

2009年度   次世代シーケンサーを活用したイネトランスクリプトーム解析パイプラインの開発

2009年度   IRGSP/RAP build 5アノテーションとRAP-DB新規機能

2009年度   イネの種子長に関与する遺伝子座GS3の多様性

2008年度   IRGSPによるイネゲノム新規アセンブルNipponbare Pseudomolecule Build 5の構築

2008年度   イネいもち病抵抗性遺伝子Pik-mは2つのNBS-LRR遺伝子からなる

2008年度   Pikm特異的イネいもち病抵抗性の付与には2つのNBS-LRR遺伝子が必要である

2008年度   イネ属における感光性遺伝子Hd3a-RFT1領域のゲノム多様性の解明

2008年度   栽培及び近縁野生種イネにおける粒形と粒数関連遺伝子領域の塩基配列比較

2008年度   パンコムギにおけるα/βグリアジン遺伝子多重遺伝子族の発現と存在様式

2008年度   ソルガムにおけるゲノムワイドSSRマーカーの開発

2008年度   エンレイBACライブラリーを活用したダイズ物理地図データベースの作成

2008年度   イネジャポニカ栽培化過程におけるSemidwarf1の人為選抜の検証

2007年度   標識放流調査に基づくメバチの行動生態

2007年度   イネ属における脱粒性遺伝子Sh4領域の塩基配列の多様性について

2007年度   イネ属における開花関連遺伝子Hd3a領域の構造比較

2007年度   イネ属における収量関連遺伝子Gn1a領域の塩基配列の比較解析

2007年度   イネのテロメア反復配列における染色体特異的な塩基置換

2007年度   アフリカ栽培イネO.glaberrima第11染色体長腕における病害抵抗性遺伝子(R-gene)クラスター領域の構造解析

2007年度   雑種弱勢原因遺伝子 Hwc1 候補 ORF の発現と雑種弱勢における根端分裂活性の in situ hybridizaitonを用いた解析

2007年度   Report of the ongoing tagging project on tropical tunas in the southern part of Japan

2006年度   イネ属における出穂期関連遺伝子Hd6の塩基配列多様性解析

2006年度   イネAゲノム近縁野生種のDiversity research set作成に向けた多様性解析

2006年度   p-SINEマーカーを用いた栽培及び野生種イネコレクションにおける詳細な系統解析

2006年度   オオムギ六条性遺伝子vrs1の単離

2006年度   イネAゲノム近縁野生種の Diversity Research Set 作成に向けた多様性解析II. 候補系統の選定

2006年度   イネ雑種弱勢原因遺伝子Hwc2の高密度連鎖解析および品種分化と周辺領域のDNA多型との関係

2006年度   イネ属における感光性遺伝子Hd1領域の塩基配列の多様性について

2006年度   レトロポゾン及びレトロトランスポゾンマーカーを用いたイネ属(Oryza)ゲノム間における近縁関係の解析

2006年度   醸造用オオムギはるな二条（Hordeum Vulgare cv. Haruna Nijo）の新規な完全長cDNAライブラリーの構築

2006年度   イネ栽培品種間における病害抵抗性遺伝子クラスター領域の構造比較

2006年度   醸造用オオムギ「はるな二条」（Hordeum vulgare cv. Haruna Nijo）発現遺伝子の網羅的解析を目指した新規完全長cDNAライブラリーの構築

2006年度   イネセントロメア塩基配列の網羅的解析

2005年度   イネゲノム解読困難領域の解析-テロメア領域及びセントロメア領域へのアプローチ

2005年度   Chromosome -specific nucleotide substitution of telomere repeats on rice chromosomes

2005年度   イネのテロメア長測定とテロメア周辺配列の解析

2005年度   イネ日本晴のテロメア長測定とテロメア周辺配列の解析

2005年度   Sequencing and characterization of telomere and subtelomere regions on rice chromosomes 1S, 2S, 2L, 6L, 7L and 8S

2005年度   Complete rice genome sequence and its application to genome biology

2005年度   Analysis of genome diversity in wild rice using EST markers from Oryza sativa cv. Nipponbare

2005年度   Comparative analysis of chromosome 8 centromere of indica and japonica rice

2005年度   栽培イネ（日本晴）ESTマーカーを用いた野生イネゲノムの多様性の解析

2005年度   イネ品種「Kasalath」第8染色体セントロメアのゲノム構造及び品種「日本晴」との比較解析

2005年度   Conservation of 3'-UTR sequences of rice expressed genes within the genus Oryza

2005年度   Comparison of the genomic sequence and structure of the japonica (cv. Nipponbare) and indica (cv. Kasalath) rice chromosome 1

2005年度   遺伝子マーカーを用いたイネ属におけるゲノム多様性解析

2005年度   インド型イネ品種「kasalath」第8染色体セントロメアのゲノム構造および日本型品種「日本晴」との比較解析

2005年度   イネ第1染色体のインド型品種「Kasalath」と日本型品種「日本晴」の比較ゲノム研究

2005年度   RecAタンパク質による3本鎖形成反応を介したイネSSRの濃縮

2005年度   The map-based sequence of the rice genome

2005年度   Random sheared fosmid library as a new genomic tool to accelerate complete finishing of

2005年度   A fine physical map of the rice chromosome 5

2004年度   第２章植物のゲノム解析第2節「イネ」

2004年度   Fiber-FISH法を用いたイネ第2，第6，第7，第8，第9染色体物理地図におけるギャップ領域の物理距離測定

2004年度   Fiber-FISH法を用いたイネ第2、第7、第8染色体物理地図におけるギャップ領域の物理距離測定

2004年度   IRGSPによって完成された日本晴イネ全染色体の物理地図について

2004年度   イネゲノムのアノテーション進捗状況

2004年度   イネ第8染色体のアノテーション進捗状況

2004年度   イネ第2及び第9染色体のアノテーション進捗状況

2004年度   イネ全ゲノム塩基配列の完全解読

2004年度   イネ日本晴全ゲノムの95％をカバーする物理地図の完成

2002年度   イネゲノム塩基配列解析phase2シーケンスの完成

2002年度   イネゲノム塩基配列フィニッシングの効率化・加速化を目指したシステム構築について

2002年度   イネPAC/BACDNAからの特定領域のサブクローニング

2002年度   BACクローンの末端塩基配列を利用したインド型イネKasalathゲノムのマッピング

2002年度   イネ第１，２，６，７，８，９染色体におけるPAC/BAC物理地図作成

2002年度   イネ染色体セントロメアの構造

2002年度   イネ第１染色体のバイオインフォマティックス

2002年度   イネゲノム塩基配列解析- VIII　フィニッシングの進捗状況及びphase2シーケンシングの年内完成

2002年度   イネ第１，２，６，７，８，及び第９染色体の物理地図と特徴

2002年度   Sequence analysis od rice chromosomes 1.2.6.7. And 8.

2002年度   Current status of sequence-ready physical map construction for rice chromosomes 1.2.6.7.and 8.

2002年度   An automated shotgun template preparation pipeline for rice genome sequencing

2002年度   Public rice sequence databese:structure and applications

2002年度   A high-throughput annotation system of rice genome sequence at RGP

2002年度   RAD:rice annotation database

2002年度   Elucidating the genome structure of rice chromosome 1 and 7

2002年度   Comparative analysis between japonica and indica rice chromosome 1 as well as between rice and Arabidopsis genomes

2002年度   イネゲノム塩基配列解析；セミオートphase２シークエンシングプログラム

2002年度   イネゲノム第７染色体塩基配列のアノテーション

2002年度   イネゲノム塩基配列情報の獲得と有効利用に向けて

2002年度   イネゲノムシーケンス解析の現状

2002年度   Rice genomics: current status of genome sequencing

2002年度   Rice bioinformatics :from sequences to applications

2002年度   イネゲノム統合データベースの現状：２００１

2002年度   イネゲノム第１染色体塩基配列のアノテーション

2002年度   イネゲノム配列解析加速化のためのモンサントBACクローンの選抜及び利用

2002年度   イネゲノム配列解析加速化のためのPACクローンの選抜及び利用

2002年度   イネゲノム塩基配列解析；シークエンス反応時の超音波処理した鋳型DNAの利用によるシークエンス効率の向上

2002年度   イネ塩基配列解析に効率的なテンプレート調製システム

2002年度   イネゲノム塩基配列解析；イネ第１染色体のゲノム塩基配列解析

2002年度   STC法によるイネ物理地図作成の加速化

2002年度   イネ全ゲノム塩基配列を解析するための物理地図作成---日本が担当する第1，6，7，8染色体の現状及び今後について

2002年度   イネ第１染色体ゲノム塩基配列のアノテーション

2002年度   イネゲノム塩基配列決定のための物理地図作成；第1染色体の全体像

2002年度   イネゲノム塩基配列解析－VI phase2 シークエンシングによる加速化

2002年度   イネゲノム統合データベースの現状:２００２

2002年度   イネゲノムアノテーションデータベース(RAD)の構築

2002年度   イネゲノム塩基配列解析- V　第1染色体の全塩基配列

2000年度   YAC物理地図を利用したイネゲノム構造の解析

2000年度   イネゲノム塩基配列解析ーII　第６および第１染色体由来PACクローンのシークエンシング

2000年度   A PAC--based physical map for rice genome sequencing project in RGP

2000年度   Sequence analysis of rice chromosome 6

2000年度   Sequence analysis of rice chromosome 1

2000年度   An overview of the rice genome research program

2000年度   Rice genomics: genetic and physical map and the current status of genome sequencing

2000年度   Rice genome sequencing project: sequencing of rice genomic DNA

2000年度   The rice genome sequencing project: construction of shotgun library

2000年度   PAC physical mapping for rice genome sequencing RGP

2000年度   新たなESTマーカー作出によるイネYAC物理地図の充実

2000年度   イネ高密度発現遺伝子地図の作成

2000年度   解析ソフトウェア”SEGMAP”を用いたイネ高密度発現遺伝子地図の作成

2000年度   イネ高密度発現遺伝子地図：その特徴とゲノム解析への応用

2000年度   イネPAC物理地図の作成状況

2000年度   イネBACライブラリーの作製

2000年度   イネ物理地図の精密化のための戦略

2000年度   イネ塩基配列解析におけるPACクローンからのショットガンライブラリーの作製とその評価

2000年度   イネ第１染色体のゲノム塩基配列解析

2000年度   イネ第６染色体のゲノム塩基配列解析

2000年度   ESTマッピング情報を利用した連鎖地図上のギャップ領域のRFLPマーカー作出

2000年度   高等植物イネのDNAポリメラーゼδ遺伝子の解析

2000年度   イネレトロトランスポゾンTos17の転移標的部位の特異性の解析

2000年度   イネゲノムにおける発現遺伝子の分布状況

2000年度   A comprehensive map of rice expressed sequence tags(ESTs): its characteristics and application to genome analysis.

2000年度   Construction and characterization of rice genomic libraries : PAC library of japonica variety, Nipponbare and BAC library of indica variety, kasalath

2000年度   A physical map with yeast artificial chromosome (YAC) clones covering 63 percent of the 12 rice chromosomes

2000年度   Sequence analysis of rice chromosomes 1 and 6

2000年度   Current status of rice EST mapping

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2018年度   アーカイバルタグ長期再捕に基づいたカツオの南下移動の特徴

2017年度   リンゴにおける粉質化程度に関するDNAマーカーの開発

2016年度   世界初、オオムギ穂発芽耐性遺伝子SD2の特定

2016年度   オオムギ(Hordeum vugare L.)の休眠を制御する新たな仕組みを発見

2016年度   リンゴ「ふじ」のハプロタイプ家系解析で蜜入りなどの原因染色体領域を解明

2014年度   コムギのゲノム配列の概要解読

2014年度   極限乾燥耐性生物ネムリユスリカのゲノム概要配列の解読

2013年度   イネの干ばつ耐性を高める深根性遺伝子の特定

2013年度   多収イネ品種の高い光合成速度に貢献する遺伝子を特定

2013年度   イネにおける新規な除草剤耐性遺伝子の単離とその利用

2012年度   完全長cDNAを利用したオオムギゲノム上の遺伝子構造決定

2011年度   ニホンナシから同定した新規レトロトランスポゾン

2011年度   オオムギ完全長cDNA 24,783配列をデータベースから公開

2011年度   コムギ穂発芽耐性遺伝子を検出できるDNAマーカー

2011年度   コムギ発芽抑制遺伝子MFTの同定

2010年度   イネ穂いもち圃場抵抗性遺伝子Pb1の単離と遺伝子進化の過程解明

2009年度   オオムギの閉花性遺伝子の発見と機能解明

2008年度   イネいもち病菌EST配列を用いた高精度遺伝子同定とデータベース構築

2006年度   イネゲノム全塩基配列の詳細なアノテーション構築

2006年度   種子着生数を3倍にするオオムギ六条性遺伝子の単離

2004年度   イネの全ゲノム塩基配列情報の完全解読

2003年度   イネセントロメアの塩基配列を解明

2002年度   イネゲノム重要部分の全塩基配列の解読終了

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2013-2017年   [農林水産省 農林水産技術会議]   多数の遺伝子が関与する形質を改良する新しい育種技術の開発（NGB）

2008-2010年   [農林水産省 農林水産技術会議]   ソルガムの遺伝子単離と機能解明 （略称：ソルガム、SOR）